Как бы там ни было, но конструкторы ВНИИТрансмаш оказали инженерам из Кургана большую помощь в создании перспективной БМП. Они учили конструкторов СКБ большому конструкторскому делу. Так, например, начальник бюро трансмиссий ВНИИТрансмаш Владимир Александрович Степанов за ночь нарисовал сложнейший и важнейший элемент трансмиссии — планетарную коробку передач. Чертеж он выполнил в масштабе 1:1 на склеенных развернутых листах обычной школьной тетради в клеточку, поскольку рисовал он от руки, да и ватмана у него не было.
Первоначально планировалось в новую БМП поставить бесступенчатую трансмиссию, разработанную А.А. Благонравовым. Но она не была до конца доведена, требовалось время, поэтому решили поставить гидромеханическую 4-ступенчатую трансмиссию, планетарную коробку к которой и нарисовал В.А. Степанов. Также специалистами ВНИИТрансмаш были созданы гидротрансформатор для трансмиссии перспективной БМП-3, водометный движитель, многие элементы ходовой части, в том числе двухскатный каток вместо односкатного, который применялся в ходовой части БМП-1 и БМП-2. При разработке ходовой части машины был использован научно-технический задел, созданный в ходе совместных работ СКБ КМЗ и ВНИИТрансмаш по новому плавающему танку. Это позволило сократить сроки разработки перспективной БМП. Выбор был остановлен на ходовой части с двухскатными опорными катками с наружными бандажами, телескопическими гидроамортизаторами повышенной энергоемкости, гусеничной цепью с резинометаллическим шарниром (РМШ) параллельного типа с обрезиненной беговой дорожкой. Немало проблем было и с силовой установкой. Первоначально прорабатывался вопрос по установке в новую машину 2В-06 разработки ЧТЗ.
Однако на момент создания БМП-3 проект этого двигателя нуждался в серьезной переработке по сокращению габаритов и массы, не был решен вопрос и с местом серийного производства этого мотора (многие из этих проблем остались нерешенными до сих пор). На помощь пришел главный конструктор завода «Барнаултрансмаш» Борис Григорьевич Егоров — разработчик двигателя УТД-20, который установлен на БМП-1 и БМП-2. Встретившись с А.А. Благонравовым и выслушав его требования к двигателю для перспективной БМП, Б.Г. Егоров пообещал создать такой двигатель.
Тут же в здании Министерства оборонной промышленности, где состоялась эта встреча двух конструкторов, на подоконнике в коридоре они написали решение, потом распечатали его на машинке и подписали. В сжатые сроки Б.Г. Егоровым был разработан и изготовлен новый дизельный двигатель УТД-29 идеально подходивший под компоновку БМП с поперечным расположением двигателя. Несмотря на то что это был безнаддувный двигатель, он не уступал по характеристикам двигателю 2В-06 с турбонаддувом, этот двигатель имел много противников со стороны НИИ двигателей, 46-го НИИ Министерства обороны и Военно-промышленной комиссии (ВПК), где ранее было принято решение о применении на танках и БМП только двигателей с турбонаддувом. Тем не менее двигатель УТД-29 все же был принят для установки на новую БМП и успешно применяется до сих пор. Его противники не сдавались и заставили конструкторов СКБ КМЗ проработать вариант установки двигателя 2В-06. Эта работа была выполнена, но МТО с таким двигателем получилось длиннее и выше, надо было ставить промежуточный редуктор, возрастала масса БМП. Противникам УТД-29 пришлось согласиться, что этот двигатель лучше, чем 2В-06.