Все прекрасно понимали, что новая боевая машина будет совершенно иной, а не станет неким усовершенствованием уже созданных БМП-1 или БМП-2. Камнем преткновения стала разработка компоновки машины. Одним из пунктов ТТТ было обеспечение зашиты лобовой проекции БМП от снарядов автоматических пушек существующих и перспективных БМП созданных в странах НАТО. Повышение уровня броневой защиты машины, которая к тому же должна еще и плавать, было одной из наиболее сложных задач. Требовалось значительное увеличение массы лобовой брони.
Главный конструктор СКБ КМЗ А.А. Благонравов при создании новой БМП поставил перед собой цель хорошо защитить лобовую часть машины, и не с помощью моторно-трансмиссионного отделения (МТО), а настоящей броней. Броня бортов и кормы должна была защищать экипаж от стрелкового оружия калибром до 12,7 мм с любой дистанции. В соответствии с этой концепцией он предложил вариант с поперечным расположением двигателя в корме и размещением обслуживающих систем в малоценных объемах надгусеничных ниш.
Это решение вызвало немало споров и родило большое количество противников, Кстати, споры по компоновке БМП-3 продолжаются и по сей день, хотя после принятия на вооружение этой машины прошло уже более 20 лет.
Как и многая российская бронетехника БМП-3 умеет плавать (фото КМЗ).
Фигура высшего пилотажа «кобра» в исполнении БМП-3, Выставка ВТТВ-2003, Омск (фото Сергея Суворова).
Бюро компоновки СКБ во главе с В.А. Зиновьевым предложило расположить двигатель и его системы продольно по оси машины с проходами для десанта вдоль бортов. Ширина этих проходов не превышала 60 см, что слишком узко для быстрого прохода мотострелков в полной экипировке, про зимнюю форму одежды даже, и говорить не приходится. Тем не менее, большая часть компоновщиков СКБ была именно за такое решение. Тогда А.А. Благонравов, пользуясь властью главного конструктора, объявил, что принимает решение делать машину с поперечной компоновкой двигателя. Основная масса сотрудников СКБ выразила несогласие с решением главного конструктора. Точку в споре поставила макетная комиссия под председательством заказчика, созданная по инициативе А.А. Благонравова. В опытном цехе из фанеры изготовили два макета кормовой части будущей машины в различных вариантах — с поперечным и с продольным расположением двигателя. Комиссия под председательством представителя НТК ГБТУ полковника П.И. Кириченко, впоследствии сделавший немало для того, чтобы БМП-3 появилась на свет, рассмотрела оба варианта их с точки зрения удобства входа-выхода и размещения десанта. В конечном итоге она утвердила вариант с поперечным расположением двигателя, обеспечивающий лучшее размещение десанта. Такое МТО (его проектированием занимался Э.М. Панфилов) получилось самое короткое — всего 1200 мм.
В варианте А.И. Никонова с продольным расположением двигателя — 1800 мм. Однако специалисты ВНИИТрансмаш были против концепции, выбранной главным конструктором. Споры продолжались. На А.А. Благонравова пытались «давить» даже на уровне Министерства оборонной промышленности, но он продолжал отстаивать свою точку зрения. Поддержку ему оказал начальник ГБТУ Ю.М. Потапов.