Внучка Зина вспоминает, что однажды они пришли с ее дочкой Верой к деду в субботу, как обычно — и ему было уже очень плохо.

Его отвезли в клинику на Гастелло, сделали сложную кишечно-полостную операцию. И он умер, не приходя в сознание, — 30 сентября 1999 года, почти в самом конце столетия, который называют теперь «веком Лихачева». Прощаясь с ним, люди говорили: «Вот и кончился век. Больше таких людей нет».

Церковным человеком он не был. В церковь ходил в основном за границей — и то, скорее, «культурологически», «представительски»… Перед смертью не причащался. В агонии бормотал: «Не наваливайтесь на меня, идите к черту!» И совсем уже перед смертью стал кричать: «Зина! Зина!»

Однако его сотрудник О. А. Панченко был другого мнения о религиозности Лихачева:

«…Я обнаружил, что в его записных книжках некоторые записи имеют даты, приуроченные к церковному календарю. Думаю, что не случайной была и дата его ухода: 30 сентября 1999 года. Дмитрий Сергеевич ушел в последний год второго тысячелетия — в день святых великомучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В тот день он всегда чтил память двух дорогих ему людей — матери Веры Семеновны и дочери Веры. Своим уходом он — хранитель тысячелетней памяти русской культуры — как бы подвел итог самому трагичному веку в истории своей страны».

Всю ночь перед похоронами сотрудники его сектора читали над гробом Священное Писание.

Сигурд Оттович Шмидт вспоминал:

«С академиком Лихачевым прощались торжественно и официально. В зале Таврического дворца был даже воинский почетный караул. Некоторых это покоробило, и мне как человеку, близкому к Дмитрию Сергеевичу и к его семье, понятно, как это не вяжется с достоинством их неизменно скромного интеллигентного образа поведения. Но как историк, знающий, что державность — в основе наших государственных представлений, я был удовлетворен тем, что нынешние официальные почести воздаются, наконец, первому интеллигенту России, достойнейшему ее гражданину, никогда не занимающего должности более высокой, чем заведующий отделом академического института».

Протоиерей Владимир Сорокин у гроба Лихачева сказал:

«Вы — светлый символ эпохи».

Похороны, по воспоминаниям внучки Зины, прошли ужасно. На кладбище в Комарово наехали в огромном количестве «официальные лица», которым необходимо было «засветиться» на экране, и уверенно оттеснили от могилы всех родственников. «Из близких на видном месте, — вспоминает внучка Зина, — оказался лишь Сергей Сергеевич Зилитинкевич».

Вскоре после смерти мужа умерла и Зинаида Александровна. Внучка Зина пишет. «Бабушка верила истово, в церковь ходила с юности, и даже спустила однажды с лестницы агитаторшу-комсомолку. Молилась громко. После домашних скандалов просила у Бога смерти. В последний год ее крики, доносившиеся из столовой, где она сидела, прикованная к креслу, были страшны. Из презентабельной и властной жены академика она превратилась в жалкую старуху, перебиравшую скатерть».

И совсем скоро после нее умерла Мила — страдания ее жизни закончились.

Теперь на этом кладбище рядом лежат и Дмитрий Сергеевич, и Зинаида Александровна, и их дочь Вера, и их дочь Мила.