В марте 1941 года КО и ЭС были упразднены, а на их месте возник новый орган — Бюро Совета народных комиссаров. Оно обладало всеми правами СНК. В его задачу также входило усилить влияние правительства, сделать его работу более оперативной. Несколько десятков наркомов и других членов правительства должны были подчиняться некоему узкому руководству, состоящему из влиятельных и энергичных координаторов. Заседания Бюро проходили регулярно — один раз в неделю, тогда как заседания и КО и ЭС созывались лишь раз в месяц.
Было увеличено количество заместителей председателя СНК. Теперь зампредсовнаркома контролировал два-три наркомата, причем обладал правом решать вопросы каждого из них. В каждом наркомате был введен пост заместителя наркома по кадрам. Это усиливало роль центральногоправительственного аппарата, который, по мысли Сталина, должен был эффективно контролировать ведомство и обеспечивать независимость от партийного аппарата.
Последнему предлагалось отойти от руководства хозяйством, сосредоточиться на идейно-политических вопросах. Это пожелание, скорее даже — требование отчетливее всего было выражено Ждановым на XVIII съезде ВКП(б) в 1939 году. Он заявил: «Там, где партийные организации приняли на себя не свойственные им функции руководства хозяйством, подменяя и обезличивая хозяйственные органы, там работа неизбежно попадала в тупик». Именно этим обстоятельством он и объяснял все промахи и отставания в экономическом развитии страны. То есть речь уже шла не о внутренних врагах с их вредительскими замыслами, не о международном империализме. Корень всех бед виделся в гипертрофированном могуществе партийного аппарата.
Жданов обрушился с критикой на саму систему функционирования отраслевых отделов ЦК и местных комитетов: «Производственно-отраслевые отделы ныне не знают, чем им, собственно, надо заниматься, допускают подмену хозорганов, конкурируют с ними, а это порождает обезличку и безответственность в работе». Практическим выводом из этих наблюдений стала повсеместная ликвидация отраслевых отделов. Исключение сделали только для сельскохозяйственного отдела, чью ликвидацию отложили на время, ввиду чрезвычайной важности аграрного вопроса.
На съезде был принят новый партийный Устав, разработанный под руководством Жданова. В нем появился раздел, определяющий права членов ВКП(б). Провозглашался окончательный отказ от массовых партийных чисток. Среди прав выделяются такие права партийца: критиковать действия любого партийного органа, выбирать и быть избранным, присутствовать на партийном собрании любого уровня тогда, когда речь идет о решении персонального дела.
Съезд отменил прежнюю дискредитацию по социальному признаку. Теперь представители всех слоев общества имели равные возможности для вступления в ряды ВКП(б). Всем претендентам устанавливался один и тот же испытательный срок (один год), а также предъявлялось единое требование — получить рекомендации трех членов партии с трехлетним стажем. Рабочий класс прекратил быть привилегированной прослойкой, «диктатура пролетариата» все больше уходила в прошлое.