Во время второго этапа главный район боевых операций сместился во 2-ю зону, на юг Люблинского воеводства. Главными задачами правительственных сил была здесь депортация украинского населения и уничтожение мощного отдела «Зализняк» в оперативном районе действий УПА под кодовым названием «Бастион».
Первую часть своей операции поляки закончили в назначенное время — к 31 июля 1947 г., а вторую — нет. Еще несколько месяцев после этой даты в регионе продолжали действовать отдельные повстанческие подразделения. Оперативный район «Бастион», где действовал батальон «Зализняк», был также местом дислокации Главного Провода ОУН Закерзонья.
18 сентября 1947 г. это место было обнаружено поляками. Они атаковали и захватили его. Глава ОУН Ярослав Старух (псевдоним Стяг) и штабные работники покончили жизнь самоубийством в бункере. Командующий УПА Закерзонья Мирослав Онишкевич (псевдоним Орест) был арестован в Польше спустя четыре месяца. Ликвидация отдела «Зализняк» и Главного Провода ОУН означала окончательное поражение УПА и ликвидацию украинского национально-освободительного движения в Закерзонье.
За три месяца осуществления операции «Висла» на север и запад Польши были принудительно переселены более 140 тысяч украинцев. Этим актом правительство Польши достигло двух целей: устранило базу поддержки украинского повстанческого движения в Закерзонье, приговорив УПА к поражению, и ликвидировало давнюю проблему украинского этноса в восточных воеводствах.
Официальные польские источники оценивают потери украинцев за период 1944–47 гг. в четыре тысячи человек. Реальная цифра, естественно, выше. Из этих четырех тысяч примерно полторы тысячи — бойцы УПА, остальные — члены ОУН и мирное население. Польские потери составили 2196 человек, в том числе 997 военнослужащих, 600 милиционеров, 599 гражданских лиц.
Польские операции против повстанцев имели существенную поддержку со стороны СССР. Польская армия была сформирована на территории СССР, обучена советскими инструкторами, вооружена советским оружием, некоторыми подразделениями командовали советские офицеры. Польские службы безопасности и народной милиции тоже были созданы по образу и подобию советских, обучены и проинструктированы советскими чекистами, вооружены советским оружием. Советские специалисты в области госбезопасности, политические и военные советники присутствовали во всех польских воинских подразделениях и службах безопасности. Они являлись источником ценных советов и экспертиз во всех областях внутренних дел, включая операции против повстанцев.
В период 1945–46 гг. внутренние войска НКВД—МВД СССР тоже действовали в восточных воеводствах Польши. Они помогали польским коммунистам бороться как с польскими, так и украинскими повстанцами, а также охраняли польско-советскую границу, препятствуя отрядам УПА переходить из Закерзонья в УССР и наоборот. Еще они обменивались разведданнымис польскими службами безопасности относительно дислокации сил и действий УПА по обе стороны границы.
Кроме советской помощи, польские службы безопасности получали содействие и от коллег в Чехословакии. Службы безопасности ЧССР перекрыли чехословацко-польскую границу и стремились не допустить формирования УПА на свою территорию. Они проводили собственные операции против повстанцев, перешедших через границу, а также обменивались с поляками разведданными об УПА.