Храм Архангела Михаила был реставрирован в 1849 году при митрополите Филарете под надзором академика Быковского. Храму сохранен прежний его вид. Он чрезвычайно красивой постройки, с одним куполом, на длинном фонаре с окнами. Наружные стены его, сверху под крышей, окаймлены широким поясом узорчатого кирпича, а внизу над фундаментом имеется такой же карниз. В южном предалтарии этой церкви был погребен св. Алексий. В 1680 году мощи святителя перенесены в Алексеевскую церковь, где почивают на левой стороне под проходной аркой, соединяющей этот храм с храмом Благовещения. Мощи св. Алексия покоятся в богатой серебряной раке, в ногах чудотворца посох его, а в шкафу, за стеклом, его святительское одеяние, сделанное из простого, с большими разводами штофа.
Обширные кельи монастыря составляют и монастырскую ограду к площади, соборам и зданию Сената (судебных установлений), образуя глухой, узкий переулок к стене. Вход в соборную церковь Св. Алексия от площади своей пирамидальной кровлей напоминает стиль древнего зодчества. При входе в храм, на левой стене, находится следующая надпись:
«Лета 7188[48] месяца августа начаты были созидатися Святыя храмы во славу Всетворца Бога, первый храм в честь Приснопетыя Богоматери Девы Марии, славного ея Благовещения, вторый св. Первозваннаго Апостола Андрея, третий святаго чудотворнаго Алексия митрополита Всероссийскаго, идеже и мощи его; вси убо с трапезами и под ними с монастырскими службами, повелением блаженныя памяти Благочестивейшаго Великаго Государя и Царя и Великаго князя Феодора Алексеевича, всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержца, по его Государскому чертежу и указной мере, каков чертеж от него Государя прислан в Чудов монастырь, благословением же Великаго Господина Святейшаго Кир Иоакима Патриарха Московскаго и всея России и северных стран; совершены же при благочестивых Великих Государех, Царях и Великих Князьях Иоанне Алексеевиче, Петре Алексеевиче и Великой Государыне Благоверной Царице и Великой Княжне Софии Алексеевне, всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержиех, в четвертое лето их Царскаго скипетродержавства, их Государским на сие строение жалованьем и монастырскою казною и ктиторов святыя обители сея подаянием 7194-го лета[49] тщанием же усердным сицеваго строения пречестнаго господина Адриана Архимандрита Святыя обители сея, да келаря монаха Варлама и труждающияся братии».
Обе церкви, Благовещения и Св. Алексия, украшены прекрасным иконостасом, но храм Св. Алексия несравненно превосходнее, и Царские двери в нем серебряные, литые.
В ризнице монастыря есть не мало замечательных вещей. Из них особенно обращают на себя внимание Евангелие и духовная святителя, писанные на пергаменте рукой самого чудотворца Алексия, — памятники, драгоценные и по своей святости, и по своей древности[50]. Затем — золотые, отделанные финифтью и украшенные дорогими каменьями потир, дискос, звезда, лжица. Это дар Морозовых. На звездице, наверху, поставлена печать царя Федора Алексеевича из зеленого изумруда с надписью: «Печать царя Феодора Алексеевича». Есть два дара императора Павла Петровича — богато отделанные митра и посох. Не забыл этого монастыря и князь Потемкин-Таврический: он принес монастырю дорогие митру, сакос, омофор и полицу — все это украшено бриллиантами и другими дорогими каменьями. Вообще, ризница монастыря богато необыкновенно.