Пещера, в которой располагался атомный реактор, была взорвана саперами после того, как миссия завершила свою работу и покинула Хайгерлох. Перрин с коллегами отправился в Хехинген на встречу с доктором Гаудсмитом. Французские и марокканские войска вошли в город примерно в 16.00 в субботу 22 апреля. За два дня до этого подразделения фольксштурма, на которые была возложена оборона городка, разбежались после того, как оттуда бежали все местные партийные функционеры. Таким образом, никто и не думал оказывать сопротивление союзным войскам. Фон Вайцзеккер продолжал работать в институте, но французам, казалось, не было до этого никакого дела. Все документы, а также запасы урана и тяжелой воды из лаборатории в Хайгерлохе были, как надеялись немцы, надежно спрятаны так, что никто и никогда не сможет их найти. В пятницу утром, за день до захвата города союзниками, Гейзенберг покинул его и через трое суток утомительной дороги прибыл в местечко Урфельд в горах Ваварии, где уже находилась его семья, и стал ждать дальнейшего развития событий. Примерно в 8.30 утра 23 апреля в Хехинген въехали четыре бронированные машины и несколько грузовиков из состава оперативной группы «Т» 6-й армии США. Полковник Паш и генерал Харрисон сразу же направились в расположенные на Вейхерштрассе и Тюбингерштрассе лаборатории. Кроме того, они обнаружили, что одно крыло здания текстильной фабрики «Grotz» занимало подразделение Института имени кайзера Вильгельма под руководством Гейзенберга. Паш был изумлен, обнаружив в кабинете самого профессора фотографию, на которой был изображен он и доктор Гаудсмит. Снимок был сделан в 1939 году на пирсе причала, когда Гейзенберг уезжал из Америки. По распоряжению Паша здание фабрики было использовано как штаб миссии «Alsos».
Для того чтобы не допустить захват научного оборудования и персонала французами, американцы выдали немцам письменные документы, которые запрещали осмотр их лабораторий. Два американских офицера нашли доктора Багге и обыскали его дом. Они забрали оттуда все бумаги, на которых были проставлены даты позднее 1942 года, пообещав вскоре вернуть их обратно.
Прототип аппарата Багге, предназначенный для выделения урана-235, вместе с аналогичной машиной, разработанной молодым ученым доктором Коршингом, был установлен в здании фабрики компании «Grotz». Машина Багге работала в четыре раза более эффективно, чем оборудование газовой диффузии, применявшееся в аналогичных целях в США.
Судьба разработанной Багге машины «изотопного шлюза» была сложной: дважды она подвергалась бомбежке в Берлине, затем трижды была эвакуирована, пока, наконец, несколько дней назад не было принято решение начать ее последние испытания. Из компании «И.Г. Фарбен» были получены неуклюжие железные бутыли с гексафторидом урана. Эксперименты должны были начаться в самые ближайшие дни. Но к 24 апреля все поняли, что проводить испытания уже слишком поздно. В 16.00 американские солдаты привели доктора Багге к доктору Гаудсмиту на допрос. Американские солдаты на глазах ученого начали разбирать его машину, из недр которой неожиданно хлынули ядовитые испарения гексафторида урана. Багге пришлось помочь американским военным разобрать машину и упаковать ее в ящики. Он писал об этом: