Но и это было не всё, что произошло в том далёком 1949-м.
В секретной докладной записке начальника Отдела пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Д. Т. Шепилова И. В. Сталину о регламентации деятельности Совета по делам РПЦ и результатах проверки работы Г. Г. Карпова на посту руководителя Совета говорилось: «Представляю на ваше рассмотрение проект постановления ЦК ВКП(б) «О массовом совершении религиозного обряда в день церковного праздника «крещение» в городе Саратове», а также переработанный проект Положения о Совете по делам Русской православной церкви при Совете министров СССР.
По сравнению с действующим Положением, новый проект положения предусматривает ограничение прав Совета. Проверкой установлено, что Совет по делам Русской православной церкви разослал в августе 1945 г. инструкцию для уполномоченных Совета в союзных и автономных республиках, областях и краях, которую как ошибочную и дающую неправильное направление в работе уполномоченных Совета по делам Русской православной церкви на местах следовало бы отменить.
Проверкой также установлено, что председатель Совета т. Карпов ежегодно преподносил подарки высшему духовенству Русской православной церкви за счёт государственных средств. Такие подарки были произведены в 1944 г., а затем это из года в год повторялось т. Карповым. В 1947 г. патриарху Алексию было преподнесено в день его рождения и именин: парчи — 15 метров, серебряный кубок и малахитовая коробка на общую сумму 14 552 рубля; митрополиту Николаю — парчи 10 метров и картина на общую сумму 6585 рублей; протопресвитеру Колчицкому — парчи 12 метров стоимостью в 890 рублей. В 1948 г. на подарки указанным лицам израсходовано 11 574 рубля. В 1949 г. т. Карпов для подарка патриарху Алексию в день его именин 25 февраля приобрёл телевизор стоимостью в 4 тысячи рублей. В свою очередь, т. Карпов в течение 1944–1947 гг. получил в подарок от патриарха Алексия картины, шкатулку и ковёр».
И это уже была кампания, организованная отделом пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) с целью пересмотра политики государства по отношению к церкви. Первый удар наносился по самому Совету. В дальнейшем он был прикреплён к Бюро по культуре при Совете министров СССР, что означало понижение статуса Совета по делам РПЦ. Так начался его постепенный перевод под контроль идеологических структур ЦК ВКП(б).
Уже 8 сентября 1950 г. Г. Г. Карпов докладывал Сталину о переменах в церковной жизни: «Совет докладывает о некоторых новых и, по мнению Совета, вполне закономерных явлениях, отмечаемых за последние 2–3 года в жизни Русской православной церкви.
По данным большинства уполномоченных Совета как в городе, так и в деревне, наблюдается ослабление интереса к церкви и снижение её влияния на верующих.
Эти явления прежде всего объясняются тем, что тот религиозный подъём, который по ряду причин, в том числе и по психологическим причинам, был в годы Отечественной войны, стал с 1947 года спадать, и год от году заметнее. Кроме того, это явилось прямым следствием улучшения материального благополучия трудящихся, укрепления положения и трудовой дисциплины в колхозах, коллективизации в западных областях УССР и БССР, известного подъёма идеологической и культурно-просветительской работы, а также тех мероприятий, которые проводил Совет в 1948–1950 гг. — через церковный центр по ликвидации нежелательных форм воздействия церкви на население и через своих уполномоченных — по известному ограничению деятельности церкви.