В феврале 1941 года комиссара госбезопасности 3-го ранга Мешика назначили руководить народным комиссариатом ГБ. Прибыв в Киев, он, родившийся на Украине, знал, с чего начать — страна, понимающая, что нацистский гнойник должен разорваться и потоки нечистот после Польши потекут на восток, готовилась к войне. На своей родине он видел, что поднимает голову радикальный национализм, организационно сбитый в бандитские формирования.
Мешик знал, что ОУН возлагала на новую войну огромные надежды, намереваясь при поддержке Гитлера получить Украинское государство. В работе одного из главных теоретиков предвоенного периода Михаила Колодзинского «Украинская военная доктрина», появившейся в 1938 году, указывалось:
«Мы хотим не только обладать украинскими городами, но и топтать вражеские земли, захватывать вражеские столицы, а на их развалинах отдавать салют Украинской империи… Хотим выиграть войну — великую и жестокую войну, которая сделает нас хозяевами Восточной Европы».
Руководитель НКГБ УССР Павел Яковлевич Мешик следил за событиями, развивающимися в среде украинских националистов. Он сообщил в Москву данные, что в апреле 1941 года сторонники Бандеры в Кракове в пику назначенному главарем Центрального Провода ОУН (ПУН) Мельнику созвали свой съезд — Второй великий сбор украинских националистов и избрали нового вождя ОУН. Им стал Степан Бандера, который заявил на сборе, что «…москали, поляки и евреи — наши главные враги… Москва — это главный враг».
Как прекрасного организатора комиссара ГБ 3-го ранга Мешика в тяжелейшее для страны время (ноябрь 1941 года. — Прим. авт.) назначают начальником 7-го спецотдела НКВД СССР, курировавшего производство минометного вооружения в стране. Со своими задачами он успешно справился. РККА получила достаточно качественной «артиллерии ближнего боя».
После образования ГУКР Смерш НКО СССР комиссара ГБ 3-го ранга, ставшего генерал-лейтенантом после приема должности, П. Я. Мешика назначают заместителем начальника этого Главка (с 19 апреля 1943-го по 17 декабря 1945 года. — Прим. авт.), и одновременно в 1944–1945 годы он являлся заместителем командующего 1-м Украинским фронтом по делам гражданской администрации.
В марте 1945 года его направляют в Варшаву, где он в ранге советника при Министерстве общественной администрации Временного правительства Польши помогал в создании органов госбезопасности Польши.
С вступлением Красной армии на территорию Польши национально-освободительные силы, ориентированные на лондонское правительство, оказались в подполье. Сталин стремился не только сделать все возможное, чтобы к власти в Варшаве пришло дружественное СССР правительство, но и поставить во главе новой польской власти коммунистов. Именно в этом советский руководитель видел окончательное решение польского вопроса. Но в Европе были силы, которые противились планам Советской России, положившей за освобождение Польши более 600 тысяч человек.
Это было время, когда Черчилль публично заявил о недопустимости насаждения Советским Союзом коммунистического режима в Польше. Но в ходе референдума не менее 60 % поляков высказались за новую, дружественную СССР власть во главе с председателем Крайовой Рады Народовой, в дальнейшем главой Совета министров ПНР и Первым секретарем ЦК ПОРП Болеславом Берутом.