В области государственного управления важнейшей и первоочередной мерой стала реформа суда и налогообложения городского населения. Это была попытка введения своеобразного городского самоуправления. Прекрасно понимая крепостническую суть статуса посадского человека (и купца, и ремесленника), которого нещадно давила законными и незаконными поборами архаичная машина государственного управления, Петр I решил изъять города из-под воеводского и приказного управления в собственное, царское, подчинение, рассчитывая при этом получить от налогов в бюджет больше денег, чем раньше. И это была главная задача. 30 января 1699 г . Петр издал указ о самоуправлении городов и выборах бурмистров. Избранники образовывали собой бурмистерские палаты или ратуши, отныне ведавшие сбором доходов и управлением в городах. Главная Бурмистерская палата (Ратуша) в Москве ведала всеми выборными людьми в городах России, а ее члены с докладом прежде всего о денежных поступлениях входили прямо к государю.
Сначала система бурмистерских палат вводилась на местах на добровольных началах и с условием уплаты двойных налогов. В конечном счете жизнь заставила и добровольность самоуправления, и двойные поборы отменить. Только тогда реформа городского управления получила реальное воплощение.
В первые годы царствования Петра I громоздкая и рыхлая приказная система государственного управления структурно почти не изменялась; первые преобразования лишь намечали контуры будущих отраслей государственного управления. Например, Иноземный и Рейтарский приказы слились в новый Приказ Военных дел, вместо Стрелецкого возник Приказ Земских дел и т.д. Наряду с новыми приказами (Морской, Артиллерии, Провиантский и др.) возникали некоторые канцелярии (Главная Ближняя Канцелярия, мундирная, банная и т.п.). Плавному изменению подверглось и ключевое звено государственного управления — Боярская дума. Из сосредоточения родовитости и знатности это учреждение превращалось в собрание деятелей разного происхождения: все больше появлялось выходцев из рядового дворянства и приказных людей. Первым лицом в Думе стал простой стольник — князь Ф.Ю. Ромодановский. В думные бояре теперь почти не возводили, а в силу возраста прежние думные бояре становились меньшинством. Да и практическая деятельность Думы шла на убыль.
Немалая забота была проявлена и о казне. С легкой руки Алексея Курбатова, безвестного дотоле дворецкого Б.П. Шереметева, введена была гербовая бумага для деловых документов, что дало казне немалую выгоду: цена бумаги зависела от суммы заключаемой сделки. В 1700 г . у владельцев территории торжков было отнято право сбора пошлин, отменены архаичные тарханы. В 1704 г . все постоялые дворы были взяты в казну (как и доходы с них).
Важные коррективы внесли в денежную систему. В конце XVII в. серебряных копеек и денежек не хватало и вместо них распространились суррогаты: разрубленные пополам или на трети копейки, а также кожаные «жеребьи» («доли» копейки). По указу царя с марта 1700 г . были введены вместо суррогатов медные денежки, полушки и полуполушки. С 1700 г . стали входить в оборот и крупные золотые и серебряные монеты. За 1700—1702 гг. денежная масса в стране резко увеличилась (почти в десять раз). Началось неизбежное, хотя и медленное обесценивание монеты.