Стрельба крылатыми ракетами предусматривалась только в надводном положении при состоянии моря до 4 – 5 баллов и при скорости хода подводной лодки до 8 г- 10 узлов. Крылатая ракета хранилась в контейнере полностью заправленной с пристыкованной боевой частью и навешенным стартовым агрегатом, состоящим из 2-х твердотопливных двигателей. Доступ к крылатой ракете после погрузки ее на ПЛ не требовался.
В мае-июне 1962 года лодка С-146 была испытана на взрывостойкость. Испытания показали, что амортизация контейнера недостаточна и ее было рекомендовано усилить. После испытаний Главком ВМФ приказал восстановить С-146 по проекту 613.
Первые два пуска ракет П-5 с ПЛ С- . 146 были проведены в Белом море вблизи Северодвинска 22 и 29 ноября 1957 года.
Всего с 28 августа 1957r. до января 1959г. был проведен 21 пуск П-5.
Постановлением СМ № 685-313 от 19.06.1959г. комплекс П-5 был принят на вооружение ВМФ.
Напряженная международная обстановка заставляла спешить и под комплекс П-5 началось срочное переоборудование торпедных ПЛ пр.613.
Технический проект 644 переоборудования подводных лодок пр.613 для вооружения их ракетами П-5 был разработан ЦКБ-18 на основании Постановления СМ от 25.08.1955 г.
Система управления стрельбой "Север-А644У" была разработана в НИИ- 303 (главный конструктор С.Ф.Фармаковский).
Контейнеры для хранения и пуска ракет были спарены в одном блоке и устанавливались на палубе надстройки, в корму от ограждения рубки. Проектом было предусмотрено направление стрельбы ракетами не в нос, а в корму. Такое конструктивное решение имело определенные неудобства, поскольку ПЛ должна была для стрельбы ракетами лечь на обратный курс, но оно было вынужденным, так как в условиях проекта 613 невозможно было расположить контейнеры с ракетами в нос от ограждения рубки.
При подготовке к старту контейнерный блок поднимался на угол 15° при помощи гидроподъемника, действовавшего от корабельной системы гидравлики. С обоих торцов каждый контейнер закрывался крышками, имевшими резиновое уплотнение. Открытие и закрытие крышек осуществлялось с помощью гидравлических приводов. В стартовом положении контейнеры удерживались гидравлическими стопорами. Крылатые ракеты хранились в контейнерах полностью заправленными, с боевой частью и с пристыкованным стартовыми агрегатом. От передвижения внутри контейнера они удерживались устройством крепления по-походному, управляемым дистанционно изнутри лодки, и с задним раскреплением, которое снималось автоматически при старте.
Использование ракетного комплекса П-5 м ПЛ проекта 644 предусматривалось при волнении моря до 4 – 5 баллов, при скорости ПЛ до 15 узлов и скорости ветра любого направления до 10 м/с. Старт крылатых ракет из контейнеров осуществлялся поочередно. При старте одной ракеты, вторая оставалась в контейнере с закрытыми крышками.
В апреле 1957 г. совместным решением ВМФ и МСП ЦКБ-112 было поручено разработать проект ПЛ с четырьмя ракетами П-5 в неподвижных контейнерах, установленных наклонно к палубе, под углом, равным стартовому. ЦКБ-112 разработало проект 665 переделки подводных лодок из пр.613. Ракеты П-5 размещались в четырех стационарных контейнерах, установленных симметрично диаметральной плоскости, с постоянным углом возвышения 14°, жестко скрепленным между собой и корпусом ПЛ. Контейнеры размещались в нос от прочной рубки в общем с ней ограждении. Стационарная установка контейнеров, исключавшая необходимость их подъема перед запуском крылатых ракет, по сравнению с подъемными оказалась более надежной в действии, имела меньший вес, сокращала время подготовки к старту, упрощала устройства для подвода кабелей и труб, обеспечивала более высокую точность установки контейнеров относительно корпуса ПЛ. Ступенчатое взаиморасположение контейнеров, реализованное впервые в практике подводного кораблестроения, сокращало расстояние между ними, упрощало конструкцию погрузочных устройств и позволяло разместить контейнеры с меньшим возвышением над прочным корпусом.