В октябре 1996 г. Ельцин отправил в отставку претендовавшего на все большую власть генерала Лебедя. Чубайс был назначен главой Администрации президента.
Политическая стабильность была сохранена, что могло стать предпосылкой для выхода из социально-экономического кризиса.
Кризис преобразований в 1997–1999 гг. Первая часть правления Ельцина была посвящена задачам, связанным с ликвидацией коммунистического режима. Несмотря на то что бюрократия осталась ядром системы власти, официально структуры старого режима были уничтожены, началась радикальная трансформация социально-экономической структуры. Второй срок своего правления Ельцин стремился посвятить созидательным задачам, преодолению социально-экономического кризиса, подготовке преемника на посту президента из числа так называемых молодых реформаторов — относительно молодых политиков, стремящихся к укреплению государственной власти как гаранта сложившихся отношений собственности. Молодые реформаторы Чубайс, Немцов (первые вице-премьеры в 1997–1998 гг.), премьер-министр Кириенко (23 марта — 23 августа 1998 г.) предприняли ряд мер по укреплению государственного контроля над естественными монополиями и по ограничению влияния бизнесменов на принятие государственных решений.
Однако они столкнулись с ожесточенным сопротивлением не привыкших к государственному контролю финансово-промышленных групп, прежде всего сырьевых. Против молодых реформаторов была начата информационная война, которую вели подконтрольные крупному капиталу телеканалы ОРТ и НТВ. Авторитету правительства Кириенко мешала его непоследовательность в противостоянии олигархам: выступая за наведение порядка и равноправие коммерческих организаций во взаимодействии с правительством, молодые реформаторы сохраняли более тесные отношения со «своими» финансово-промышленными группами. Новое правительство столкнулось с обострением проблем, накопленных правительством Черномырдина, связанных прежде всего с задолженностями государства перед работниками промышленности и кредиторами. В мае 1998 г. шахтеры перекрыли железнодорожные пути и парализовали движение транспорта. После напряженных переговоров удалось достичь взаимоприемлемого соглашения с профсоюзами.
В условиях стремительно нараставших внутренних и внешних долгов правительство Кириенко разработало план преобразования ГКО в долгосрочные обязательства. Этот план начал осуществляться 17 августа 1998 г. одновременно с дефолтом, что привело к гораздо более резкому падению рубля, чем планировалось. В этих условиях Ельцин отправил правительство Кириенко в отставку и вернул к власти Черномырдина. Президент надеялся, что это стабилизирует ситуацию, но правительственная чехарда только обострила кризис и не позволила завершить запланированные командой Кириенко действия. Рубль оказался в состоянии свободного падения. Страну охватил острый финансовый кризис, банковская система была парализована, рубль обесценился в три раза. Это привело к скачку цен и дальнейшему обнищанию населения, в том числе и относительно обеспеченных средних слоев, которые хранили средства в разорившихся банках. Финансовая олигархия понесла большие убытки и ослабла. Стало выгоднее вкладывать средства в производство, чем в рискованные финансовые операции. В условиях удорожания доллара себестоимость российской продукции понизилась, что улучшило ее позиции на рынке. После того как финансовая буря улеглась и рубль стабилизировался на низкой отметке, российское производство стало расти. В 1999–2008 гг. в России наблюдался экономический рост.