Причин для столь сурового вывода было много. Например, самолет отличался сложной техникой пилотирования на взлете. После отрыва от ВПП резко изменялись усилия на штурвале от руля высоты, что приводило к взлетам с "подрывом". Большие усилия на штурвале от руля высоты при даче газа усложняли пилотирование, особенно при уходе на второй круг.

В случае отключения одного из моторов и при некоторых соотношениях углов скольжения и отклонения руля поворота нагрузка на педаль снижалась до нуля и она сама уходила вперед. Более того, по этой причине отмечались случаи срыва машины в штопор. Як-200 обладал недостаточной продольной устойчивостью, а на режиме полного газа не мог лететь с брошенным управлением. Вдобавок, отсутствовали устройства борьбы с обледенением воздушных винтов и лобовых стекол кабины.

Самолет вернули в ОКБ, где он подвергся доработке. На это ушло чуть больше трех месяцев. Из 91 дефекта, выявленного военными, устранили свыше половины, ко самых главных, и в начале января 1954-го Як-200 вновь передали в НИИ ВВС.

На фюзеляже машины установили гребень (форкиль), протянувшийся от 20-го шпангоута до вертикального оперения, и уменьшили до 23^>0 углы отклонения руля поворота. Перекомпоновав специальное оборудование и агрегаты воздушной системы, сместили вперед центр тяжести. Теперь его заднее положение не превышало 14,7% от средней аэродинамической хорды. Изменили углы установки двигателей.

По сравнению с предшественником, ранее проходившем заводские испытания, доработанная машина потяжелела. При этом вес пустого самолета возрос на 120 кг, топлива - на 55 кг (видимо, раньше бак не полностью заправлялся), а взлетный - на 195 кг. Из-за этого немного снизились скорость и скороподъемность. Чуть ухудшились взлетно-посадочные характеристики, но потолок и дальность возросли, хотя запас горючего остался прежним (на первом этапе государственных испытаний бак заливали полностью - 555 кг и о причинах последнего можно лишь догадываться).

Эти и ряд других доработок благоприятно отразились на поведении машины в полете. А.Ф.Митронин и летчики облета Ю.А.Антипов, С.А.Рычков. И.А.Аэбиеаич, Соболевский и С.ГДедух отмечали, что Як-200 по технике пилотирования стал простым и пригодным для обучения будущих пилотов в строевых частях.

Наземный персонал тоже остался доволен машиной, которая оказалась простой и удобной в обслуживании, особенно зимой, когда температура воздуха опускалась до -30°С. Капотирование двигателей обеспечивало удобный и быстрый осмотр силовых установок, а заранее предусмотренные лючки в капотах ускоряли прогрев моторов от наземных устройств.

Як-200 доработали, но заказчик его так и не востребовал.

В то же время, заказчик потребовал на первых пяти серийных машинах улучшить рулежные свойства по заснеженной ВПП, уменьшить усилия на штурвале от руля высоты и интенсивность кабрирования после дачи газа при скорости полета по прибору в пределах 200-300 км/ч. Слишком большой считалась угловая скорость крена в случае отказа одного из двигателей и необходимо было снизить ее до величины, соответствовавшей требованиям ВВС. Заказчик в очередной раз напомнил о необходимости оборудовать машину устройствами обогрева кабины и борьбы с обледенением лобовых стекол и воздушных винтов.