Пока происходили все эти события в жизни крейсера, в Европе началась война. Соединение, во главе которого стоял «Де Рюйтер», патрулировало восточную часть архипелага. В сентябре-октябре обстановка в колониальных владениях была довольно спокойной - единственными представителями воюющих сторон стали немецкие торговые суда, которые интернировались в различных портах голландской Ост-Индии. У командования Голландского флота имелась непроверенная информация о том, что территориальными водами колонии пользуются британские подводные лодки. Флотское командование приказало в случае обнаружения лодок воюющих стран в территориальных водах, принуждать их к всплытию, используя глубинные бомбы. После того, как лодка всплывет, ее следовало интернировать. И хотя к охоте на предполагаемых нарушительниц привлекался ряд голландских кораблей (в том числе и «Де Рюйтер») не только интернировать, но даже обнаружить хоть одну такую подводную лодку не удалось. Остаток 1939 года прошел в патрулировании вод колоний. По мере возможности его пытались совместить с учениями. Интенсивность боевой подготовки уменьшилась. 18 октября, получивший звание контр-адмирала, Хельфрих стал командующим военно- морскими силами в Ост-Индии, сменив на этом посту адмирала Фареверда.
В середине января 1940 года крейсер встал к стенке казенного завода в Сурабае на профилактический ремонт, за время которого был выполнен большой объем работ, в основном в машинном отделении. 4 марта «Де Рюйтер» ремонт завершился выходом на ходовые испытания, прошедшие вполне успешно.
В апреле 1940 года после вторжения Германии в Норвегию и Данию, голландской разведкой была получена информация о концентрации транспортов на острове Формоза (Тайвань), что могло означать возможную подготовку к вторжению в Ост-Индию. К счастью эта угроза оказалась надуманной, однако боевая готовность Королевского флота вновь была повышена. «Де Рюйтер» в это время базировался на Сурабаю, стоя на рейде, в полной готовности к выходу в море. Для экипажа это означало сокращение числа увольнений на берег, а для офицеров и старшин - запрет на ночевку на берегу.
Прошел месяц и 10 мая 1940 года Германия вторглась в Нидерланды в рамках общего наступления на Западе. Командование флота в Ост-Индиях отдало приказ об отправке в эфир радиограммы, состоящей из одного слова - «Берлин», все кому она была адресована, знали, что им предстоит делать. С борта «Де Рюйтера» спустили шлюпки с вооруженными членами экипажа, которые подошли к бортам немецких транспортов «Кассель»[* Переименован в «Менденау», потоплен 9 августа 1942 года немецкой подводной лодкой «U 752» в Атлантике.], «Наумбург»[** Переименован в «Кентар», потоплен 1 августа 1942 года в Атлантическом океане немецкой подводной лодкой «U 155».] и «Эссен»[*** Переименован в «Теркоелей», 17 марта 1943 года был потоплен немецкой подводной лодкой «и 631» в Атлантическом океане. На момент гибели транспорт следовал в составе «НХ 229».] и вскоре на них были подняты голландские флаги. В городе в это время шли аресты граждан Германии, а также всех, кого можно было заподозрить в подрывной деятельности. На борту «Де Рюйтера» после возвращения абордажных партий день продолжался по обычному распорядку. Единственным изменением в жизни корабля стал запуск по трансляции радиопередач с выпусками новостей из Голландии. После их прослушивания несколько человек пришлось госпитализировать в корабельный лазарет с сердечными приступами. Больше всего работы у корабельного медицинского персонала появилось после радиопередачи о бомбежке Роттердама.