В первые месяцы 1943 г. части, вооруженные S.84, занимались в основном дальней морской разведкой. К апрелю количество таких самолетов в строевых частях сократилось до 60 (в т.ч. 34 полностью боеготовых). Командование Реджиа Аэронаутика приняло решение о постепенном выводе S.84 из первой линии. Когда в июле 1943 г. союзники высадились на Сицилии, такие самолеты оставались лишь в 43-м полку (98-я и 99-я группы), располагавшем примерно четырьмя десятками машин. 98-ю группу (11 самолетов) срочно перебросили из Лонате Поццоло в Джоя дель Колле, откуда S.84 приступили к ночным налетам на порты Аугуста и Сиракузы, захваченные противником. В частности, вечером 12 июля в таком налете участвовали пять самолетов, 15-го - четыре, 18-го - шесть. Эти вылеты стали последними боевыми операциями S.84. В ходе их группа понесла значительные потери, как по боевым, так и по техническим причинам - к концу второй декады июля не осталось ни одного исправного самолета.
На момент капитуляции Италии 8 сентября 1943 г. штаб 43-го полка и 99-я группа (Лонате Поццоло) располагали 18 S.84, а 98-я группа (Джоя дель Колле) - 12. Последняя часть дислоцировалась на юге Италии, избегнувшем немецкой оккупации. Её самолеты вошли в состав 2-го транспортного полка, вновь сформированного в составе ВВС Италии, сотрудничавших с союзниками. В конце сентября 1943 г. в этом полку, наряду с самолетами SM.75, S.79, S.84, «Фиат» G.12, имелось и шесть исправных S.84. В октябре в 241-й эскадрилье 132-й группы этого полка (Джоя Дель Колле), возглавляемой капитаном Ли Дестри, числилось семь S.84, но только два из них были исправны. В течение последующих месяцев благодаря усилиям ремонтных бригад, обшаривавших аэродромы юга Италии, удалось ввести в строй ещё несколько S.84. Такие машины появились и в составе 1-й транспортной группы.
В конце 1943 г. 241-я эскадрилья (семь S.84) дислоцировалась в Лечче/Гапатина, а её главными задачами являлись связные и транспортные полеты на Сицилию. В январе 1944 г. парк S.84 в этой эскадрилье увеличился до восьми единиц, появились машины этого типа и в составе командования авиации Сардинии. Когда же в начале июля 1944 г. 132-ю группу перевооружили бомбардировщиками «Мартин» «Балтимор», транспортные 240-ю и 241 -ю эскадрильи передали в 98-ю группу. Основу её парка составляли около двух десятков S.79, а количество S.84 не превышало 6- 7 единиц. В конце 1944 г. 241-ю эскадрилью передислоцировали в Рим/Ченточелле. В этот период в её составе имелось 5-6 S.84, но исправными были, как правило, лишь две-три машины. Всего же до 8 мая 1945 г. самолеты S.84 в составе ВВС Италии, сотрудничавших с союзниками, налетали в транспортных и тренировочных полетах 1528 часов. После окончания войны S.84 эксплуатировались, в частности, в школе бомбардировочной и транспортной авиации в Фрозиноне, а также в звене связи командования авиации Сицилии. По состоянию на 1 марта 1947 г. в строю все ещё оставалось шесть самолетов этого типа. Последние из них летали до 1949 г.
Самолеты S.84, оставшиеся в сентябре 1943 г. на подконтрольной немцам территории Италии, ограниченно использовались в качестве транспортных люфтваффе и ВВС Итальянской социальной республики. Точное количество самолетов, эксплуатировавшихся немцами, неизвестно, но в 1944 г. по заказам Люфтваффе ремонт на заводе SIAI в Верьяте прошло не менее 11 S.84.