— Военно-строительное управление и Управление военного снабжения были включены в состав ХОЗУ КГБ при Совете Министров СССР.

На основании Постановления Президиума ЦК КПСС и Совета Министров СССР № 134-46 от 5 февраля 1960 г. "О внесении изменений в структуру КГБ при СМ СССР и его органов на местах и сокращении их штатной численности" в Центральном аппарате КГБ при СМ СССР произошли следующие изменения:

— 4, 5 и 6 управления были включены в состав 2 Главного управления;

— 3 Главное управление было преобразовано в 3 управление;

— Следственное управление было реорганизовано в Следственный отдел;

— Отдел учебных заведений Управления кадров был упразднен.

Структура Центрального аппарата КГБ при Совете Министров СССР приобрела следующий вид:

— 1 Главное управление (разведка за границей)

— 2 Главное управление (контрразведка)

— 3 управление (военная контрразведка)

— 7 управление (наружное наблюдение и охрана дипкорпуса)

— 8 Главное управление (шифровально-дешифровальное)

— 9 управление (охрана руководителей партии и правительства)

— ОТУ (оперативно-техническое управление)

— Управление кадров

— Следственный отдел

— УАО (учетно-архивный отдел)

— ГУПВ (главное управление пограничных войск)

— ХОЗУ

— ОПС (отдел правительственной связи)

— ФПО (финансово-плановый отдел)

— Моботдел

— Секретариат КГБ при СМ СССР

— Группа при Председателе КГБ при СМ СССР по изучению и обобщению опыта работы органов госбезопасности и данных о противнике.

Эта структура Центрального аппарата КГБ при Совете Министров СССР до середины 60-х годов оставалась неизменной. В дальнейшем из 2 Главного управления были вновь выделены: в 1967 году — 5 управление (борьба с идеологической диверсией); в 1981 году — 4 управление (контрразведывательная работа на транспорте); в 1982 году — 6 управление (контрразведывательная работа в сфере экономики).

10 февраля 1954 года Президиум ЦК КПСС принял решение о выделении органов государственной безопасности из ведения МВД СССР в самостоятельное ведомство — Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР. 12 марта 1954 года Президиум ЦК КПСС принял решение об основных задачах МВД СССР и КГБ при СМ СССР. 13 марта 1954 года Указами Президиума Верховного Совета СССР был организован КГБ при СМ СССР и его председателем назначен бывший первый заместитель министра внутренних дел СССР генерал-полковник И.А.Серов.

Во исполнение постановления СМ СССР № 408-178сс от 10 марта 1954 г. совместным приказом Министерства среднего машиностроения СССР и МВД СССР № 265сс/00217 от 16 марта 1954 г. Главпромстрой и Главспецстрой были переданы из ведения Министерства среднего машиностроения СССР в ведение МВД СССР.

Распоряжением СМ СССР № 2572рс от 12 марта 1954 г. и приказом МВД СССР № 00216 от 16 марта 1954 г. была объявлена структура МВД СССР:

ГУМ (начальник— Н.П.Стаханов)

ГУЛАГ (И.И.Долгих)

ГУЛЛП (М.М.Тимофеев)

ГУПВ (П.И.Зырянов)

ГГУВКО Т.Ф.Филиппов)

ГУПО (Ф.П.Петровский)

ГУС МПВО (И.С.Шередега)

Главпромстрой (А.Н.Комаровский)

Главспецстрой (М.М.Мальцев)

ГУВС (Я.Ф.Горностаев)