Небольшой отряд тибетцев попытался остановить рейд английского полка. Но командовавший операцией генерал Макдональд действовал решительно и коварно. Войска сторон встретились у источника Хрустальный глаз. В решающий час, когда стало ясно, что бой будет кровопролитным, британцы выслали парламентеров, предложивших тибетцам затушить фитили их допотопных кремневых ружей и начать переговоры. Как только это было сделано, трехтысячный английский отряд при поддержке горной артиллерии открыл огонь по простодушным горцам, и большая часть их армии была истреблена. В этом бою погиб командующий тибетской армией генерал Лхаван; после битвы английский солдат вырвал у трупа из уха огромную жемчужную серьгу — туземный символ высокого воинского звания.

Но властелин Тибета, предупрежденный об опасности, ночью в сопровождении Агвана Доржиева, врача, трех придворных и восьми человек прислуги устремился на север, впервые сменив трон на седло. Скрываясь, он долго путешествовал по стране в отчаянии и полном бессилии. В маленьком городке Нагчу он был узнан на улице каким-то монахом. Вскоре его свиту окружила толпа тибетцев — они рыдали. Когда люди голосили вслед печальному каравану, Далай-лама и сам был на грани истерики.

Весь путь до Урги Доржиев ехал впереди обоза беглецов, заботясь о ночлеге и пропитании. Ургинский хутухта (перерожденец) Богдо-геген, занимающий в ламаистской иерархии третье место после Далай-ламы и Панчена Эрдени, встретил изгнанника холодно. В то время он, подобно Далай-ламе, был духовным и светским правителем Монголии и видел в главе Церкви мощного соперника. Тибетская миссия остановилась в монастыре Гандан, где ей отвели двухэтажный дом. Весть о прибытии живого бога быстро разлетелась по Гоби— и вскоре тысячи степняков хлынули в долину Толы на богомолье.

Короткое время в Тибете хозяйничала английская колониальная армия. Она принесла с собой новый оккупационный порядок, иллюстрацией к которому служит диалог из «Учебника разговорного тибетского языка» Ч. А. Белла, выпущенный издательством баптистской миссии в Калькутте в 1905 году:

«Офицер-переводчик: Там за холмом есть солдаты? У них есть огненная стрела (оружие)?

Тибетец: У большинства из них только мечи и копья. У некоторых из них есть луки и стрелы.

Офицер: Стрелы отравлены?

Тибетец: Да, аксамитом.

Офицер: Конница у них есть?

Тибетец: Сейчас нет. Но я слышал шум. Похожий на шум приближающихся лошадей.

Офицер: Правда, что тибетцы обычно нападают ночью?

Тибетец: Да, сэр.

Офицер: Какая у них пушка? Насколько далеко она стреляет? Как они переправляются через реку? Все оружие должно быть сдано мне до завтрашнего утра. Любого, у кого найдут оружие после этого, строго накажут».

В 1909 году Агван Доржиев вновь посещает Санкт-Петербург с поручением Далай-ламы, которое касается сооружения в столице империи буддийского храма.

Властитель Тибета пребывал в эти дни в монастыре У-Тай-Шань, возле Пекина. В подтверждение своих лучших намерений в отношении России Далай-лама выделил из казны необходимую сумму для постройки в Санкт-Петербурге храма Калачакры-Шамбалы — символа освободительной войны. И хотя сооружение дацана можно было рассматривать как обычное строительство, Доржиев придавал событию совершенно мистический смысл.