Согласно Положению о Федеральном экологическом фонде РФ, утвержденному постановлением Правительства РФ от 29 июня 1992 г. № 442, Федеральный экологический фонд РФ находится в ведении Минприроды. Это означает, в частности, что на коллегии Госкомэкологии утверждаются персональный состав правления и ревизионной комиссии Федерального экологического фонда, отчетный доклад о результатах деятельности Федерального экологического фонда за год и рассматриваются иные вопросы, охватываемые понятием «ведение».
Сам Федеральный экологический фонд взаимодействует с остальными экологическими фондами в целях реализации федеральных и иных экологических программ и проектов в порядке, определяемом соглашениями (договорами). Исполнительные органы экологических фондов осуществляют контроль за переводом денежных средств в Федеральный экологический фонд РФ и после окончания календарного полугодия представляют в Федеральный экологический фонд информацию о поступлениях на их счета денежных средств.
Практика развития местных экологических фондов конкретизирует и детализирует правовые установления, свидетельствует о возможностях общественности контролировать ход реализации решений по этим вопросам.
В Челябинской области, например, Положением об экологическом фонде расширен перечень источников поступления и направлений расходования средств фонда, предусматриваются страховой аварийный и иные фонды. Председателем правления фонда является руководитель областной Госкомприроды, сопредседателями — председатель депутатской комиссии по охране природы и заместитель главы областной администрации. Исполнительная дирекция ежеквартально отчитывается перед правлением.
Аппарат челябинского фонда составляют девять человек с фондом заработной платы около 0,1% средств областного фонда. Районные и городские (местные) экологические фонды созданы в 9 из 42 районов области: в большинстве средства аккумулируются при местных представительных органах и при администрациях. Аппарат фонда берет на себя значительные функции по взысканию средств в фонд — с помощью компьютерной техники ведет учет сумм, которые должен получить и фактически получил от предприятий, учреждений, организаций, граждан; инвентаризует промышленные и иные отходы, их вывоз и складирование, строительство и состояние эксплуатации очистных сооружений; премирует из своих средств инспекторов Госкомприроды за законную деятельность, направленную на пополнение фонда. Постановлением главы администрации Челябинской области предусматривается безакцептное взыскание платежей с предъявлением штрафных санкций за просрочку, и это несмотря на некоторое сопротивление ряда финансистов.
В Ленинградской области и городе Санкт-Петербурге фонды не считались юридическими лицами, а рассматривались в качестве внебюджетных счетов при Госкомприроде. Смета расходования утверждалась администрацией. Фактическое управление фондами осуществлялось комиссией, которая занималась регулированием и пересмотром платежей, стимулированием природоохранных мероприятий. В области решения комиссии утверждались, как правило, администрацией; в городе решение комиссии не утверждается.