Вопросы экологических фондов регулируются постановлением Правительства РФ «О федеральном экологическом фонде Российской Федерации и экологических фондах на территории Российской Федерации» от 29 июня 1992 г. (которым утверждено Положение о Федеральном экологическом фонде РФ); приказом министра охраны окружающей среды и природных ресурсов РФ от 13 июля 1992 г. о мерах по выполнению указанного постановления Правительства; Порядком направления предприятиями, учреждениями, организациями, гражданами, иностранными юридическими лицами и гражданами средств в государственные внебюджетные экологические фонды, утвержденным Минприроды, Минфином, Минюстом РФ (декабрь 1992 г.); Порядком перечисления 10 процентов платы за загрязнение окружающей природной среды в доход федерального бюджета Российской Федерации, утвержденным Минприроды, Минфином, Госналогслужбой РФ; постановлением Госкомстата РФ «Об утверждении государственной статистической отчетности о поступлении и расходовании средств экологических фондов и инструкции по ее составлению» от 18 января 1993 г.[37]
В Положении о Федеральном экологическом фонде РФ предусматриваются его основные задачи и функции, порядок образования и использования средств, организации деятельности, характер учета и отчетности. Руководство деятельностью Фонда должно осуществлять его правление, избирающее из своего состава председателя правления, образующее исполнительную дирекцию, назначающее исполнительного директора, утверждающее структуры, штатное расписание и смету расходов на содержание исполнительной дирекции, бюджет, годовые отчеты и сметы использования средств Фонда, структуру инвестиций, принимающее решения о финансировании программ, их приоритетности. Контроль за финансовой деятельностью Фонда призвана осуществлять ревизионная комиссия. Контроля населения, граждан, общественности в принятых нормативных актах о Фонде не предусматривается, хотя налогоплательщики не только вправе, но и обязаны знать, как расходуются их средства.
Постановлением Правительства РФ от 29 июня 1992 г. № 442 образование соответствующих внебюджетных экологических фондов и утверждение положений о них возложены на исполнительные органы государственной власти республик, краев, областей, автономных образований, городов Москвы и Санкт-Петербурга, местной администрации. Минприроды и Минфину РФ предложено оказать необходимую методологическую помощь при формировании системы территориальных внебюджетных экологических фондов и, в частности, при разработке положений об указанных фондах. На исполнительные же органы, местную администрацию, Госкомэкологию возложено обеспечение своевременного и полного перечисления средств в Федеральный экологический фонд и территориальные внебюджетные экологические фонды.