Функции специально уполномоченных органов определены специальными положениями о них. Круг этих функций различен.

Так, Федеральный горный и промышленный надзор России (Госгортехнадзор) осуществляет государственный надзор за состоянием безопасности работ в промышленности, за безопасностью работ при строительстве и эксплуатации систем газоснабжения, при ведении работ на объектах, связанных с транспортированием, хранением и использованием природного и сжиженного газов, за соблюдением установленного порядка пользования недрами при разработке месторождений полезных ископаемых, включая гидроминеральные ресурсы и переработку минерального сырья, а также в целях, не связанных с добычей полезных ископаемых, в том числе отработанных горных выработок и естественных подземных полостей для размещения в них народнохозяйственных объектов.

Госгортехнадзор России осуществляет возложенный на него государственный надзор на территории Российской Федерации через организуемые им региональные органы (округа). В соответствии с возложенными на него задачами он организует разработку и утверждает в установленном порядке требования (правила и нормы) по безопасному ведению работ, устройству и эксплуатации оборудования, а также рациональному использованию и охране недр.

Кроме того, Госгортехнадзор рассматривает и согласовывает проекты стандартов и другие нормативные документы министерств РФ, содержащие требования по безопасному ведению работ, устройству и эксплуатации оборудования, а также участвует в разработке межотраслевых и отраслевых требований (правил и норм) по безопасному ведению работ, услуг, участвует в разработке и согласовании проектов госстандартов, устанавливает единство требований, предусматриваемых в правилах и нормах по безопасному ведению работ, устройству и эксплуатации оборудования и охране недр.

Госгортехнадзор осуществляет надзор за соблюдением требований безопасности на подконтрольных работах, объектах и производствах, выдает на отдельные виды деятельности, связанные с пользованием недрами, специальные разрешения (лицензии), устанавливает порядок их получения; контролирует правильность разработки месторождений в части выемки запасов и комплексности использования полезных ископаемых, а также правильность разработки и охраны минеральных и прочих неживых ресурсов на континентальном шельфе и внутренних водоемах Российской Федерации. Он определяет технические требования (в части охраны недр и сохранения горных выработок, пригодных для использования в народном хозяйстве), подлежащие выполнению пользователями недр при ликвидации и консервации предприятий по добыче полезных ископаемых (или его части), нефтяных, газовых и гидроминеральных скважин; регистрирует горные отводы для разработки месторождений общераспространенных полезных ископаемых (Указом Президента РФ от 18 февраля 1993 г. утверждено Положение о Федеральном горном и промышленном надзоре России[33]).

Министерства и ведомства, на которые возложены специальные функции по государственному контролю и надзору, имеют у себя ведомственные инспекции по природопользованию и охране природы, которые осуществляют контроль за работой подчиненных им предприятий в области природопользования и охраны природы. Кроме межведомственных органов действуют министерства и ведомства, которые являются непосредственными природопользователями и пользуются предоставленными им природными объектами.