Важная роль принадлежит государственным органам специальной компетенции. Закон РФ об охране окружающей природной среды определил компетенцию специально уполномоченных на то государственных органов Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды. К кругу вопросов, решаемых специально уполномоченными на то государственными органами Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды, относятся:

комплексное управление в области охраны окружающей природной среды в Российской Федерации, проведение единой научно-технической политики по вопросам охраны окружающей природной среды и использования природных ресурсов, координация деятельности министерств и ведомств, предприятий, учреждений и организаций в этой области;

государственный контроль за использованием и охраной земель, недр, поверхностных и подземных вод, атмосферного воздуха, лесов, растительного и животного мира, природных ресурсов, а также за соблюдением норм экологической безопасности;

организация мониторинга окружающей природной среды, создание и обеспечение работы государственной службы наблюдения за состоянием окружающей природной среды; утверждение нормативов, правил, участие в разработке стандартов по регулированию использования природных ресурсов и охране окружающей природной среды от загрязнения и иных вредных воздействий;

осуществление государственной экологической экспертизы; получение бесплатно от министерств, ведомств, предприятий, учреждений и организаций экологической информации; выдача разрешений на захоронение (складирование) промышленных, коммунально-бытовых и иных отходов, выбросы, сбросы загрязняющих веществ в окружающую природную среду, на использование природных ресурсов в соответствии с законодательством Российской Федерации;

ограничение или приостановление деятельности предприятий и иных объектов независимо от форм собственности и подчинения в случае нарушения природоохранных требований при их эксплуатации, лицензий на использование природных ресурсов с превышением лимитов выбросов и сбросов загрязняющих веществ;

предъявление исков о возмещении вреда, причиненного в результате нарушения природоохранного законодательства; составление протоколов и рассмотрение дел об административных правонарушениях в области охраны окружающей природной среды;

учет и оценка природных ресурсов, ведение федеральных кадастров природных ресурсов; разработка государственных и межрегиональных экологических программ; управление природно-заповедным фондом РФ, ведение Красной книги РФ, организация природно-заповедного дела; участие в организации системы всеобщего, непрерывного экологического воспитания и образования (ст. 7 Закона РФ об охране окружающей природной среды).

Решения специально уполномоченных на то государственных органов Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды по вопросам, отнесенным к их компетенции, обязательны для всех юридических лиц и граждан и могут быть обжалованы в судебном порядке.