Кроме стандартных формулировок, договор содержал важные для развития науки и промышленности Руси моменты. От беспрепятственного набора магаданцами и русами учеников в свои школы и университеты из русских подданных любого сословия до строительства заводов и мастерских на Руси, добычи полезных ископаемых, записи фольклора, ловли зверей, составления карт и прочих мелочей. Молодой царь Иван Пятый даже рискнул разрешить организацию на Руси первого университета, с привлечением преподавателей из Королевца и Петербурга. Аналогичные права в Новороссии и Западном Магадане получили все русские подданные, заинтересованные в первую очередь добычей золота в Южной Африке и серебра в горах Сьерра-Невады. Об этом Петро напел большинству бояр и самому Иоанну в надежде увеличить количество русских людей в колониях. Почему-то добыча экзотических товаров в далёкой Африке и Америке привлекала русских купцов и промышленников больше, нежели гарантированный доход в самой Руси.

Был в договоре и военный союз, предусматривавший обучение молодых русских дворян в военном училище Новороссии. А также продажу Руси по льготным ценам вооружения и военной техники, в первую очередь, трёх бронепоездов. С предварительным обучением специалистов в Петербурге, что характерно, за плату из царской казны. На этом настоял молодой Иван Пятый, чтобы показать богатство Руси, действительно ставшей за последние годы, с учётом сибирских мехов и уральских заводов, одной из богатейших стран Европы. Самым сложным для магаданцев представлялись условия о брачно-семейных отношениях подданных разных стран.

Тут накладывались и традиционно консервативные требования Русской православной церкви, и классическая формулировка «на рабе женатый рабом становится». С русским патриархом, благодаря многочисленным агентам влияния, удалось решить вопрос положительно. Благо патриархат Московский и Русский был непризнанным официально в Константинополе, так же как Магаданский и Новороссийский патриарх Николай. С учётом определённых наработок и контактов среди греков Петро пообещал содействие Москве в признании Руси официальным патриархатом. Тут он не рисковал, в реальной истории русский патриархат получил официальный статус в 1596 году. Но на Руси этого не знали, что способствовало определённой поблажке «западным православным».

Что касается браков между свободными магаданцами и русами, с одной стороны, и, русскими холопами и холопками – с другой стороны, тоже становившимися свободными, тут сказалось либеральное воспитание молодого царя. Его отец, Иван Четвёртый, вопреки бытовавшему в советские времена мнению, всю свою жизнь боролся против нарастающего закабаления крестьянства. Трудно сказать, что тут сказалось больше, скорее всего, вредность царского характера и желание противиться давлению крупного боярства, погубившего мать молодого Иоанна Васильевича. Явно не передовые экономические идеи, но факт остаётся фактом, Иоанн Грозный был ярым противником закрепощения своих подданных. В таком русле он и воспитал своего сына. Потому идея освобождения всякого холопа или холопки, кто вступит в брак с православным магаданцем или русом, получила оригинальное продолжение. Уже сам Иоанн Иоаннович предложил (с подачи многочисленных агентов влияния, среди которых семья Кочневых была не первой) установить стандартную цену выкупа холопов.