СППУ-22-01 на МиГ-27 применялись и с «ручным», и с «автоматическим» прицеливанием, но исключительно при фиксированном положении стволов — горизонтальном в линии полёта (подобно встроенной пушке) или наклонённом для «поливного» огня при поражении протяжённых целей типа колонн на дорогах или стоянок. «Следящий» режим с синхронным поворотом пушек башенными агрегатами не использовался из-за отсутствия на борту блоков связи их с прицельным комплексом. Огонь из СППУ открывался нажатием на «общую» боевую кнопку.

При подготовке ГШ-6-30А отмечалось удобство заряжания: если на МиГ-21 и МиГ-23 техникам приходилось лебёдкой опускать лафет с пушкой и патронным ящиком и, стоя под самолётом на коленях, втискивать туда ленту, а на Су-7 и Су-17 протаскивать её через опоясывающие фюзеляж рукава, то на МиГ-27 патронную ленту достаточно было подать в загрузочный люк наверху и направить её в патронный отсек. Впрочем, затащить на верх фюзеляжа ленту весом в четверть тонны само по себе было задачей не из лёгких, и для этого требовался специальный погрузочный лоток с лебёдкой. Чаще обходились куском ленты на 30–40 патронов, достаточных для отработки навыков стрельбы, а укладывали его вручную.

Как известно, продолжением достоинств становятся недостатки. Следствием высочайшего темпа стрельбы была чрезмерная скорость подачи и рывки ленты: случались её порывы, «вело» звеньеотвод и патронный рукав, а сами звенья, прошедшие «мясорубку» пушки, к повторному использованию не годились. В 911-м апиб в апреле 1988 г. менее чем за месяц произошли подряд несколько отказов стрельбы из-за лопнувших звеньев. Узлы пушки, особенно газопороховой привод и блок кинематики, подвергались интенсивным термическим и механическим нагрузкам. Они работали практически на пределе допустимого. Коррозия при этом становилась особенно грозной и развивалась мгновенно, требуя чистить орудие немедленно после стрельбы, всякого полёта и даже каждые 15–20 дней стоянки.

Постоянно давала о себе знать отдача, удары которой, при всей секундности воздействия, ломали планер и «выбивали» оборудование. Ощущались также акустические нагрузки от дульных газов и высокочастотные вибрации, буквально расшатывавшие конструкцию, добавляя усталостных трещин баку-отсеку № 2 и задней стенке бака № 1А, к которой крепилась пушка. Случалось коробление створок передней стойки шасси, грозившее ее заклиниванием. Из-за обрывов цепи питания отказывал топливный насос. Много неприятностей доставляли случаи разрушения звеньеотвода, подававшего отстрелянные звенья обратно в патронный отсек; его направляющие служили частью конструкции фюзеляжа и повреждения требовали сложного ремонта силами заводской бригады. В качестве одной из мер была проведена доработка по снижению скорострельности, ограниченной 4000 выстр./мин.

Несмотря на доработки и усиления конструкции, влияние пушки как «фактора риска» приходилось учитывать в эксплуатации. В полках утвердилось мнение: если «лёгкий» залп в 30–40 снарядов переносится машиной без особых последствий, то затяжная очередь продолжительностью 2,5–3 с чревата «хрустом и треском». Помимо прочего, стрельба короткими очередями экономила ресурс орудия, ограниченный 6000 выстрелов. Если же в спешке «пропуск» в очереди делать забывали и стрельба шла до полного израсходования боезапаса, то это вело не только к интенсивному износу стволов (260–300 выстрелов подряд для пушки были предельными и требовали охлаждения оружия), но и могло сказаться на самолётных системах, особенно чувствительных к сотрясениям и вибрациям оборудовании и электронике.