Политические последствия действий российского и абхазского руководства, если бы оно поддалось на ту грандиозную мистификацию-провокацию, не трудно предсказать. Россию и Абхазию обвинили бы в агрессии со всеми вытекающими из этого последствиями. Капкан, заготовленный для российского и абхазского президентов, не сработал.
В августе 2006 года режиссерам «кодорской операции» пришлось лишь частично праздновать свою победу. Спеша закрепить ее, грузинские власти принялись перебрасывать в верхнюю часть Кодорского ущелья марионеточное руководство «республики Абхазии в изгнании». К 2 августа в селе Чхалта разместилось правительство, а в селе Ажара — Верховный совет Абхазской Автономной Республики. 27 сентября 2006 года президент Саакашвили в День памяти и скорби своим указом переименовал верхнюю часть Кодорского ущелья в Верхнюю Абхазию.
В Сухуме от бессилия вынуждены были скрипеть зубами. В тот год Саакашвили был на коне и мог позволить себе не замечать не только это, а гневные тирады министра иностранных России С. Лаврова. А чтобы окончательно припечатать Россию и ее руководителей к позорному столбу местной и зарубежной общественности, были предоставлены доказательства враждебной деятельности.
27 сентября глава МВД Грузии В. Мерабишвили в интервью СМИ заявил о раскрытии в стране российской шпионской сети, руководимой 4 офицерами ГРУ, в состав которой входили 11 граждан Грузии. На следующий день МВД Грузии распространило видеоматериалы с показаниями 5 граждан Грузии, признающими факт своего сотрудничества с российской военной разведкой.
Что касается самого Квициани, то он, сыграв отведенную ему роль, по законам жанра, тем более шпионского, был обязан исчезнуть с подмостков политической сцены и унести с собой все тайны. Последний раз в Кодорском ущелье его, а также вора в законе — племянника Бачо Аргвелиани, видели 27 июля.
По заявлению главы администрации президента Грузии Г. Арвеладзе, «полиция дала Эмзару Квициани и его сторонникам возможность выйти из села Чхалта, чтобы не пострадало мирное население, после чего тот скрылся в Абхазии, где его встретил Гарри Купалба».
Возмущенный абхазский генерал с ходу отмел эти обвинения Арвеладзе. А начальник генштаба Вооруженных сил Абхазии генерал-лейтенант А. Зайцев назвал их «провокацией». Несмотря на это, грузинская сторона продолжала относить действия Квициана на счет российских спецслужб и настойчиво внедряла эту мысль в сознание обывателя. Из МВД Грузии периодически происходила утечка информации о том, что «Квициани и те, кто покинул село Чхалта, вышли на Кулхорский перевал и там были встречены российскими пограничниками и представителями спецслужб». Позже из МВД просочилась информация о том, что он был замечен в Ставропольском крае.
Российский след с Квициани активно эксплуатировали и политики. Они валили все с больной головы на здоровую и обвиняли российскую сторону в подготовке очередного заговора против Грузии. В частности, лидер Республиканской партии Д. Усупашвили утверждал: «Происходящее в Кодорском ущелье — это только компонента многостороннего плана, разработанного в Москве. Власти Грузии поддались на провокацию. И попались в капкан. Следующей серией, я думаю, может стать появление других исполнителей главных ролей, например бывшего министра госбезопасности Игоря Гиоргадзе».