Деметрий II понял, что его власть настолько мала, что он уже не сможет одолеть армию Маккавеев. На самом деле ему нужна была помощь в борьбе против собственных врагов. Ионатан такую помощь предложил, пообещав, что пошлет отряд хорошо обученных еврейских наемников на службу к Деметрию, если тот сдаст укрепленные пункты, окружавшие Иерусалим. Деметрий согласился, принял наемников, использовал их для укрепления своей власти в Антиохии, а потом отказался оставить свои укрепленные пункты.
Рассерженный Ионатан ждал неизбежного — новых династических дрязг. В 143 г. до н. э. военачальник по имени Трифон, сославшись на мальчика, который был объявлен сыном Баласа и которого провозгласили Антиохом VI, поднял восстание против Деметрия II. Ионатан тут же предложил свою помощь новому претенденту.
Но Трифону надоело идти окольными путями, прикрываясь именем ребенка, и он планировал убить Антиоха VI. Однако таким образом можно было потерять расположение Ионатана, который на тот момент был самым сильным его сторонником. Поэтому Трифон решил сначала ввергнуть государство Маккавеев в хаос. Он пригласил Ионатана на встречу в царскую резиденцию Птолемаиду, расположенную в 85 милях севернее Иерусалима. Ионатан, очевидно польщенный тем, что селевкидская власть оказывает ему такое уважение, позволил завлечь себя с очень маленьким отрядом воинов в этот город. Его схватили и убили. Это случилось в 142 г. до н. э.
Но оставался еще один брат Маккавеев — Симон. Он затребовал тело Ионатана и похоронил его в фамильном склепе, а затем вновь сблизился с Деметрием II, который все еще противостоял Трифону. Симон предложил ему союз против Трифона в обмен на признание полной независимости Иудеи. Сделка состоялась, и 142 г. до н. э. стал годом, когда впервые со дня разрушения Иерусалимского храма Навуходоносором, то есть впервые за 445 лет, возникло независимое еврейское государство. Симон правил и как царь (хотя и не использовал этот титул), и как первосвященник.
Он сразу же занялся упрочнением своей власти. В 141 г. до н. э. он захватил укрепленные форты в Иерусалиме, чтобы, по крайней мере, столичный город был полностью свободен от иноземных солдат. Он захватил также приморский город Яффо, дабы новое независимое государство имело свой опорный пункт на морском берегу.
Деметрий II мало что выиграл от уступки, сделанной Ионатану. Пытаясь усилитьсвое могущество для открытой борьбы с Трифоном, Деметрий отправился на восток с целью увеличить свои владения и сбор податей, как в прошлом это сделал Антиох IV. Там ему тоже не повезло. В 139 г. до н. э. парфяне его побили и заключили под стражу.
Однако в 137 г. до н. э. брат Деметрия II разгромил Трифона и присвоил себе власть, назвавшись Антиохом VII. Он стал последним правителем династии Селевкидов, хоть как-то проявившим себя, и решил восстановить власть над Иудеей. Так армия Маккавеев снова оказалась перед угрозой вторжения Селевкидов. Из первой стычки иудеи, которыми командовали два сына Симона, Иоанн Гиркан и Иуда, вышли победителями, и Антиох VII прибег к нечестным средствам.