Однако король счел и это наказание слишком мягким. Чтобы успокоить его, еще несколько клириков были наказаны клеймением, но Генрих не смягчился. Ему нужны были не суровые приговоры духовных судов, а полное упразднение этих судов. 1 октября 1163 года в Вестминстере собрался большой собор, от которого король потребовал вернуться к положению, существовавшему при Генрихе I, когда компетенция духовных судов ограничивалась вопросами веры. Споры длились дотемна; Томас шаг за шагом отступал под нарастающим давлением Генриха. В конце концов он согласился, что клирик должен быть судим как мирянин, если будет осужден церковным судом и совершит второе преступление. «Первое!» — решительно сказал король. В ответ Томас не менее резко возразил:

«Хватит посягать на наши порядки!» Генрих вспылил, выбежал из зала и тут же уехал в Лондон. На другой день архиепископ был лишен оставшихся государственных постов и должности воспитателя принца Генриха.

Скоро гнев короля остыл, и он вызвал Бекета на переговоры. Они встретились в поле близ Нортхэмптона, не слезая с коней; разговор был коротким и сухим, и оба разъехались, не изменив своих позиций. Однако позже епископы (в том числе Гилберт Фолиот) уговорили Томаса сдаться и согласиться на проведение в Кларендоне в январе 1164 года нового большого собора. Церковники ожидали, что там им удастся ограничиться туманной клятвой, которую позже можно будет легко нарушить. Однако король потребовал совсем другого: скрепленного подписями и печатями решения, что отныне клириков будет судить только королевский суд. Что их апелляции будет рассматривать сам король, а не папский престол. Что ни один церковник не сможет покинуть Англию без позволения короля. Что дети крепостных не могут уходить в монастырь или принимать сан без разрешения их лорда. Эти требования были чрезмерны, и собор устами Томаса решительно отверг их. Он заявил, что подвергать клириков светскому суду — все равно что «вторично приводить Христа на суд Пилата». В конце концов епископы были вынуждены сдаться; тогда разъяренный Томас воскликнул: «Хорошо, пусть позор клятвопреступления падет на одного меня!» После этого он поклялся принять королевские требования. Однако подкрепить свою клятву подписью и печатью отказался, сказав, что слово пастыря крепче всякой печати.

Сразу после собора архиепископ горько пожалел о своей уступке; без сомнения, его дальнейшее упрямство было вызвано раскаянием в этой минутной слабости. Он решил отказаться от исполнения своих обязанностей до получения прощения от папы. К папе обратился и король, прося у него подтверждения решения Кларендонского собора и назначения архиепископа Йоркского папским легатом в Англии — в пику непокорному кентерберийцу. Вторую просьбу папа Александр III одобрил, а в первой отказал, поскольку она означала ослабление влияния церкви. Томас решил лично отправиться к папе, который жил в изгнании во Франции, но статьи, принятые в Кларендоне, уже действовали, и моряки отказались перевозить его без позволения короля. Тогда архиепископ попросил встречи с Генрихом, и тот сразу же согласился. Он совсем не хотел, чтобы Бекет покинул страну и стал орудием Людовика или иного внешнего врага; он боялся, что папа наложит на Англию интердикт — запрещение всех церковных таинств, в том числе крещения и отпевания умерших. Мало кто из средневековых монархов осмеливался противостоять подобной угрозе. Поэтому король был ласков с Бекетом и с улыбкой спросил, зачем ему покидать королевство, где хватит места им обоим. Но эта улыбка не могла скрыть от Томаса простую истину: места им обоим в Англии нет.