Одновременно в отчете по проведенным испытаниям отмечалось, что представленный образец требует улучшения продольной и поперечной устойчивости, строг на посадке (чуток к перетягиванию ручки), имеет ряд недоработок и зксплутацион-ных недостатков. Пресловутый кольцевой радиатор оценивался как неудачный и ненадежный с боевой точки зрения, всасывающий патрубок карбюратора, расположенный в нижней части капота собирал слишком много аэродромной пыли. Шасси сложно в эксплуатации, много шарниров и щитков с неплотным прилеганием, требующих постоянной регулировки. Хватало претензий и по мелочам: оборудованию кабины, управлению, эксплуатации отдельных элементов. Все эти вопросы предлагалось разрешить при постройке третьего экземпляра.
Третий опытный истребитель получил обозначение И-180-3 или И-180Е-3, в обиходе его называли просто Е-3. Постройка его началась на авиазаводе № 1 в июне 1939 года, однако шла неспешно, ибо конструкторская бригада дожидалась результатов испытаний второго опытного, чтобы внести соответствующие изменения. Всего же на первом заводе заложили б экземпляров И-180. Четыре предполагалось оснастить турбокомпрессорами в соответствии с тенденциями повышения высотности истребителей. Еще один получил обозначение И-180Ш (И-180-4, И-184, И-180Е-4) - это был самолет с новым одностоечным шасси. Пока выбирали схему уборки - предлагалось, в частности, убирать стойки назад с поворотом - прошло время, поэтому И-180Ш на ГАЗ № 1 не построили.
И-180-3 имел цельнометаллическое крыло совершенно новой по сравнению с предыдущими образцами конструкции. Пояса лонжеронов из труб в этом самолете заменили тавровыми открытыми профилями из стали 30 ХГСА. Поперечное V крыла увеличили до 6°30'. Третий опытный экземпляр получил, наконец, долгожданный двигатель М-88. Капот двигателя был выполнен более прочным, регулировка охлаждения достигалась подвижными створками ("юбкой''). Небольшой воздухозаборник в нижней части капота остался, однако теперь он прикрывал сотовый цилиндрический маслорадиатор - воздух к карбюратору двигателя поступал через отверстие в корневой части центроплана. Значительным изменениям подверглось стрелковое вооружение самолета, которое теперь состояло из двух крупнокалиберных синхронных пулеметов ТКБ-150 конструкции Березина (впоследствии - БС) и двух синхронных пулеметов ШКАС. Все четыре пулемета были сведены в единую батарею и плотно укомпонованы в верхней части фюзеляжа. Кстати, такое решение проблемы компоновки вооружения было осуществлено на опытных И-16. Установили и бомбовое вооружение, состоявшее из 4 балок в отъемных частях крыла. Максимальный вес бомбовой нагрузки мог составлять 200 кг.
С самого начала предполагалось, что И-180Е-3 станет эталоном для серийной постройки на горьковском авиазаводе № 21 под обозначением "тип 25". Уже в июне 1939-го начались передача технической документации, командировки специалистов из Горького в Москву с целью знакомства с особенностями и технологией изготовления. Первая серия предполагалась в количестве 10 машин, уже в ноябре завод обещал изготовить первые 5 экземпляров. На деле работы практически не велись, ибо мощности 21-го завода были полностью загружены производством И-16.