Славянофильство имело определенное влияние на формирование русской апологетической мысли, поскольку в духовных семинариях и академиях многие апологетические вопросы первоначально рассматривались в курсах Философии. Кафедры введения в богословие и основного богословия появляются позднее. Главной их задачей было оправдание веры отцов. Когда согласно Уставу духовных академий 1869 г. была упразднена кафедра физики и математики, то проф. Д. Ф. Голубинский вместо нее основал в МДА и кафедру Естественнонаучной апологетики. Основные вопросы, над которыми трудились русские апологеты-богословы в это время, были связаны с анализом и критикой идей, идущих с Запада. Это, прежде всего, «вольтерьянство», рационализм, новые «откровения» германских философов (Канта, Гегеля, Шлейермахера и др.).

Первым из профессоров Московской духовной академии по кафедре философии, чьи лекции включали в себя вопросы философской апологетики, был прот. Ф. А. Голубинский (с 1818 по 1854 гг.). В лекциях по «Умозрительному богословию» подробно разбирались доказательства бытия Божия, анализировались воззрения деистов, пантеистов, материалистов.

Преемником прот. Ф. А. Голубинского по кафедре метафизики и истории философии был проф. Кудрявцев-Платонов В. Д. († 1891), вся ученая деятельность которого была посвящена апологетической проблематике. Трудно найти проблему, волновавшую умы его современников, которая не была бы тщательно рассмотрена и проанализирована им с христианских позиций. Его магистерская диссертация «О единстве рода человеческого», докторская — «Религия, ее сущность и происхождение»; исследования и статьи по философии, особенно гносеологии, по обоснованию бытия Бога, бессмертия души, по космологии и рациональной психологии, по естественному богословию, собранные в трех томах его сочинений [30], — говорят об огромном размахе его творческой деятельности. Большой популярностью пользовалась его сравнительно небольшая, но удачно сочетавшая философские и апологетические вопросы и многократно переиздававшаяся работа «Начальные основания философии» (9-е изд. Сергиев Пос. 1915). Проф. А. Введенский пишет, что основная проблематика, занимавшая проф. Кудрявцева, может быть выражена следующими тремя вопросами: 1. Что человек может знать и во что он должен верить? 2. Что такое мир, как он произошел и к какой цели направляется? 3. Как человек должен жить и на что он может надеяться после смерти? [31] Апологетические труды Кудрявцева являются одним большим вкладом в русскую апологетику. В них органично сочетается серьезный философский подход с глубоким религиозным благочестием, что придавало им особую убедительность.

Дальнейшее развитие русская апологетика получила в трудах проф. МДА по кафедре философии Ал. Ив. Введенского († 1913). В магистерской диссертации «Вера в Бога, ее происхождение и основания» Введенским был сделан анализ различных философских воззрений по вопросу происхождения религии. Докторская диссертация «Религиозное сознание язычества: Опыт философской истории естественных религий» (М., 1902), хотя, в основном, касается индийских религий, тем не менее, дает принципиальную оценку язычества в целом. Другие сочинения Введенского свидетельствуют о масштабности и разносторонности его апологетического творчества.