Однако большая часть южнорусской апологетической литературы XVI-XVII столетий не отличалась оригинальностью. Для полемики с католиками и униатами православные нередко пользовались протестантскими источниками, а для полемики с протестантами — католическими, что делало православную литературу такой же схоластической и малоэффективной.
Вторая половина XVII в. жизнь Церкви отмечена прежде всего реформами патр. Никона и старообрядческим расколом, породившим напряженную дискуссию. Появляется большое количество противораскольнической литературы, очень неоднородной по своему содержанию и достоинству. Более значимые труды появились в XVIII-XIX веках.
В 1685 г. в Москве открывается Славяно-греко-латинская школа (с 1814 года — Московская духовная академия), положившая начало систематическому богословскому и светскому образованию в России.
В XVII-XVIII веках Церковь сталкивается с новыми для нее явлениями. В Россию в связи с реформами Петра I активно проникают идеи материализма, атеизма, деизма, масонства, мистицизма и т. д. И борьба с ними, как правило, была очень затруднена. Так, весь тираж полемической книги Евстафия Станевича «Разговор о бессмертии души над гробом младенца» (1818), написанной против идей пиетизма и масонства, был изъят по распоряжению обер-прокурора кн. Голицына, который так отозвался о ней: «К суждению о бессмертии души привязано защищение Восточной церкви, тогда как никто на нее не нападает… Автор, понимая превратно, не чувствует, что может привести умы в беспокойство, что подлинно Церковь в опасности» [23].
Но хотя руки богословия и были жестко связаны политикой Петра и его преемников, отдельные апологетические сочинения все же появляются. Митрополит Стефан Яворский († 1722) оставил одно из интереснейших апологетических сочинений этой эпохи «Камень веры», направленный против лютеранских нововведений в петровской России. Против апокалиптических настроений раскольников им же были написаны «Знамения пришествия антихриста и кончины века от Писаний Божественных». Интересен его «Ответ Сорбонской академии о соединении церквей», который предвосхищал позднейшие экуменические дискуссии православных с инославными.
Апологетический характер носят и многие проповеди архиеп. Феофана Прокоповича († 1736), епископа Анастасия Братановского († 1806), митр. Платона (Левшина) († 1812). Митрополиту Платону приписывается рукопись «Ответов на 16 вопросов Вольтера». В своем сочинении «Рассуждение о безбожии» архиеп. Феофан излагает доказательства бытия Божия, критикует деизм просветителей и пантеизм Спинозы.
Своим противостоянием в XVIII веке бурно нахлынувшему неверию известен «апостольский отклик на безумие вольнодумного века» [24] свт. Тихона Задонского (1724 — 1782). В его лице впервые происходит встреча столпа православной веры и российского безбожия. Своими трудами «Об истинном христианстве», «Сокровище духовное, от мира собираемое», свят. Тихон стремится возвести мысль читателя от преходящей жизни к явлениям мира духовного. «Это был первый опыт живого богословия, и опытного богословия, — в отличие и в противовес школьной эрудиции без подлинного опыта…»