В 1956 г. Готтлиб вновь расширил полномочия Джона Малхолланда, сделав его консультантом по вопросам «применения техники иллюзионных трюков для проведения секретных операций, в том числе для тайной доставки материалов, отвлекающих маневров и действий с целью прикрытия запрещенной законом деятельности, влияния на выбор и восприятие сторонних лиц, различных форм маскировки; а также для тайных систем сигнализации и т. п.».[47] Малхолланд трудился на TSS вплоть до 1958 г., когда ухудшившееся вследствие беспрерывного курения и прогрессирующего артрита здоровье стало серьезным препятствием для его работы разъездного консультанта.[48]

Подготовленные Малхолландом рукописи «Некоторые приемы оперативного применения искусства введения в заблуждение» и «Опознавательные сигналы» относятся к числу немногих сохранившихся документов, которые проливают свет на природу исследований, проводившихся MKULTRA. Практически все отчеты по данной программе и подборки оперативных документов по «исследованиям и разработкам химических, биологических и радиологических материалов, пригодных для использования в секретных операциях по управлению человеческим поведением» были уничтожены по приказу директора ЦРУ Ричарда Хелмса в 1973 г., спустя почти 10 лет после того, как по большинству направлений работы уже прекратились.[49] Как заявил в 1970-х гг. один из сотрудников ЦРУ, пособие (пособия) Малхолланда — единственный продукт MKULTRA, судя по всему, избежавший уничтожения».[50] Ответственный за MKULTRA Готтлиб в 1964 г. отмечал: «За последние несколько лет все очевиднее становится тот факт, что общее направление исследований [биологического и химического воздействия на человеческое поведение] все менее актуально для сегодняшних сложных операций. С научной точки зрения воздействие указанных материалов и методик на отдельных людей чересчур непредсказуемо, чтобы от них была какая-либо польза в оперативной практике».[51]

В то же время уничтожение документации MKULTRA само по себе становится для Управления источником проблем. В ответ на многочисленные публикации в New York Times, где сообщалось о злоупотреблениях и неподобающих действиях ЦРУ, связанных со шпионажем внутри страны, в декабре 1974 г. Сенатский комитет во главе с сенатором Фрэнком Черчем инициировал расследование. Одно из сенсационных разоблачений деятельности ЦРУ, сделанное в ходе слушаний, было связано с обнаружением не уничтоженных два года назад архивных документов MKULTRA финансового и административного характера. Сенатский комитет тщательно изучил документацию и установил, что на конспиративных квартирах ЦРУ в Калифорнии и Нью-Йорке проводились эксперименты с провокационными названиями, вроде операции «Полночный оргазм» (Operation Midnight Climax). В ходе подобных экспериментов проводилось наблюдение за тем, как действует ЛСД на ничего не подозревающих людей — или, как их называли в документах, «клиентов», — которых проститутки заманивали на конспиративные квартиры. Им подмешивали в напитки не только ЛСД, но иногда «сыворотку правды» или прочие психотропные субстанции, а сотрудники ЦРУ тщательно фиксировали эффект препаратов, наблюдая за испытуемыми из соседнего помещения через зеркало одностороннего видения.