К сожалению, полеты на М-55 не обошлись без жертв. 29 мая 1995 года в испытательном полете на машине с опознавательным знаком RA – 01552 погиб летчик-испытатель Эдуард Чельцов.
Следует напомнить, что специалисты ЭМЗ имени В.М. Мясищева создали самолет в соответствии с требованиями военных. И заказчик отслеживал эту машину, но недолго. 13 ноября 1998 года потеряли М-17Р (разведывательный вариант М-55 «Геофизика»). В тот день летчик-испытатель 929-го ГЛИЦ ВВС имени В.П. Чкалова выполнял очередной испытательный полет, когда, находясь в воздушном пространстве Казахстана (там сохранились многочисленные телеметрические «точки» и полигоны бывшего НИИ ВВС), на высоте 12 000 метров самолет накренился на угол около 60 градусов и сорвался в правый штопор. Попытка вывести машину из этого, не свойственного разведчику «состояния» не увенчалась успехом, и пилот вынужден был катапультироваться. После потери этой машины на ЭМЗ имени В.М. Мясищева остался лишь один М-55.
В самолете М-55 при полетах на потолке, по образному выражению летчика-испытателя Олега Щепеткова, «сидишь как на игле. На этом самолете, особенно на высотах более 18 км, необходимо строго и постоянно контролировать скорость полета и углы атаки. Ни в коем случае не превышать «мах» более 0,7 (иначе самолет затянет в пикирование, вывести из которого будет уже невозможно), а приборная скорость при этомминимальная. Запас (скорости. – Прим. авт.) очень маленький, километров 20–30, не больше. Вот в этой «вилке» и надо летать. Да еще, как оказалось, на больших высотах встречаются мощные воздушные течения, зоны интенсивной болтанки, вертикальные порывы ветра… М-55 – это самолет, который не дает возможности летчику расслабиться».
Несмотря на эту потерю, геофизические исследования продолжились. В сентябре 1999 года М-55 (RA – 55204) участвовал в международной программе APE-GAIA, проведя зондирование нижних слоев стратосферы в Антарктиде.
В ноябре 2005 года М-55 совершил перелет из Москвы в Австралию. Его маршрут пролегал через Индию, Таиланд, Бруней. Далее будет посадка уже в Австралии. М-55 выполнил восемь полетов на высотах 18–21 км в Австралии для изучения верхних слоев атмосферы и исследований по конвективному переносу водяного пара в стратосферу, и в декабре вернулся в Россию. Вес научных приборов и аппаратуры был более двух тонн. Часть оборудования размещалась в контейнерах под крылом, а остальное – в фюзеляже.
Последний раз исследования в атмосфере Земли (конвективного переноса органических и неорганических) с помощью М-55 проводились в августе 2006 года в Буркина-Фасо (Африка).
Кроме различных геофизических исследований, проводящихся с помощью этой уникальной машины, в 2002 году, как говорилось выше, на ЭМЗ имени В.М. Мясищева предложили использовать «Геофизику» в качестве летающей платформы М-55Х для запуска авиационно-космических систем.
Для выведения микроспутников с помощью предложенного проекта авиационно-космической системы предполагалось доработать «Геофизику» в вариант М-55Р. С тех пор прошло много лет, но необходимое количество частных лиц и коммерсантов, заинтересованных в полете в космическое пространство, для финансирования проекта найти не удалось.