В том же 2001 году 12 сентября одна машина (№ 15001) потерпела катастрофу. В тот день летчикам О. Щепеткову и А. Бесчастнову предстоял очередной испытательный полет на прочность с целью достижения максимальной скорости. Набрав высоту 3000 метров, пилоты начали разгон машины со снижением. На высоте 2200 метров достигли заданной скорости 430 км/ч (по прибору), и вслед за этим появилась вибрация самолета, сопровождавшаяся необычным шумом. Экипаж, решив, что произошел отказ двигателя, отключил его, а самолет стал «задирать» нос, не реагируя на дачу штурвала от себя. Вскоре «Гжель» сделала произвольную полубочку и, опустив нос, перешла в горизонтальный полет. Экипаж запустил двигатель, но самолет не реагировал на отклонение руля высоты.

Машина потеряла управление, и экипажу не оставалось ничего иного, как покинуть ее, воспользовавшись парашютами. Поскольку самолет слушался элеронов, то успели отвернуть в сторону от города Раменское.

Покидание «Гжели» было возможно только через левую дверь, возле которой сидел Олег Щепетков (у второго пилота такой двери нет), ему и удалось покинуть гибнущую машину. Александр Бесчастнов остался в кабине и до последней минуты пытался спасти ее, но тщетно.

Расследование катастрофы показало, что из-за флаттера разрушились обе половины руля высоты, и шансов спасти машину просто не было. После дополнительных исследований в аэродинамических трубах ЦАГИ оперение доработали и «Гжель» получила 30 декабря 2002 года сертификат.

В ноябре 2005 года, впервые за предшествовавшие десять лет, в летные училища гражданской авиации начали поступать новые отечественные самолеты. Так, 15 и 18 ноября первые два М-101Т вместе с комплектом средств наземного обслуживания и контрольно-проверочной аппаратуры поступили в Ульяновское высшее авиационное училище (RA – 15103) и в Бугурусланское летное училище (RA – 15105). В 2006 году летным училищам предполагалось поставить еще восемь «Соколов». Но этого не произошло.

Самолеты, похоже, перехватила авиакомпания «Декстер», дислоцирующаяся в московском аэропорту Быково и превратившая «Сокол» в авиатакси. Церемония передачи «Декстеру» первого «Сокола» состоялась в марте 2006 г. Эксплуатация самолетов М-101Т (RA – 15100, 15101, 15106, 15108, 15109-15112) продолжалась недолго, и весной 2007 года пять из восьми «Соколов» стали на прикол из-за конструктивно-производственных дефектов шасси.

Доработки машин затянулись, поскольку Нижегородский авиационный завод получил более выгодный военный заказ, а на М-101Т не хватает ни времени, ни сил. Деятельность «Декстера» из-за этого замедлилась, и авиакомпания стала присматриваться к «иномаркам». Оставшиеся три самолета, базируясь в аэропортах Москвы, Нижнего Новгорода и Самары, продолжают выполнять заказные полеты. Нельзя не учитывать и тот факт, что назначенный ресурс М-101Т, как и всякого нового типа самолета, незначителен и для его продления требуются периодические перерывы его эксплуатации, что прямо сказывается на прибыли авиакомпании.

Сегодня ЭМЗ имени В.М. Мясищева сделал ставку на проект пассажирского самолета М-60