Охота на главарей чеченских боевиков продолжалась и вышла за пределы республики. 13 февраля 2004 года в столице Катара городе Дохе был убит главный финансист и идеолог чеченских террористов З. Яндарбиев. Российские средства массовой информации писали о внутренних разборках в чеченской среде. Другие говорили о наличии в этом деле «следа Москвы», и даже были задержаны лица, причастные к этому акту.
Боевики осуществляли ответные террористические акты. 9 мая 2004 года на стадионе «Динамо» в Грозном прогремел мощный взрыв. В результате этого взрыва погибли шесть человек и около 60 человек получили ранения. Среди погибших был президент Чеченской Республики А. Кадыров. Посмертно ему было присвоено звание Героя Российской Федерации с формулировкой «За мужество и героизм, проявленные при возрождении Чеченской Республики и в борьбе с терроризмом».
В связи с гибелью президента его обязанности были возложены на председателя правительства республики Сергея Абрамова. Сын покойного Рамзан Кадыров был назначен на пост первого заместителя председателя правительства Чеченской Республики.
У братских могил нет заплаканных вдов
\Новым президентом Чеченской Республики 29 августа 2004 года был провозглашен Алу Дадашевич Алханов, бывший министр внутренних дел республики, за которого проголосовали 70 % избирателей. Он родился в 1957 году в Казахстане, служил в Советской Армии. В 1983 году окончил Могилевскую школу транспортной милиции, затем высшую Ростовскую школу милиции. Находился в опозиции к Д. Дудаеву. С 1992 по 1996 год работал заместителем начальника, затем начальником Грозненского ЛУВД Северо-Кавказского управления внутренних дел. После подписания Хасавюртовских соглашений в 1996 году и вывода российских войск из Чечни до 2000 года работал начальником ЛОВД на станции Шахтная в Ростовской области. Затем вместе с федеральными войсками вернулся в Чечню и до 2003 года был начальником Грозненского ЛУВД и с этой должности назначен министром внутренних дел Чеченской Республики.
Террористические акты продолжались. 31 августа 2004 года прогремел взрыв на станции метро «Рижская» в Москве. Погибли 10 человек, многие были ранены. Взрыв произвела чеченская девушка-смертница.
1 сентября в Беслане (Северная Осетия) группа чеченских террористов напала на школу, взяв в заложники более тысячи человек, большинство из которых были детьми. По официальным данным, в составе группы боевиков насчитывалось 32 человека, командование ее осуществлял Руслан Хачбаров по кличке «Полковник».
Федеральными силами была проведена операция по освобождению захваченных заложников. Осетинский ОМОН и милиция действовали достаточно шаблонно, хотя многие милиционеры и проявили личную храбрость. В результате этой операции из числа заложников и милиционеров погиб 331 человек, террористы потеряли 32 боевика убитыми и одного захваченного в плен. Бесланская трагедия стала одним из самых печальных событий 2004 года и навсегда останется страницей ужаса в памяти народа.
27 ноября 2005 года в Чечне прошли выборы в парламент, первое заседание которого состоялось в Грозном 12 декабря. Уже через несколько дней после этого произошла встреча руководства Чечни с Президентом Российской Федерации в Москве. На этой встрече чеченской стороной было заявлено, что республика располагает всем необходимым для восстановления нормальной жизни и собственного развития. 4 марта 2006 года президент Чечни Алу Алханов подписал указ о назначении Рамзана Кадырова премьер-министром республики. Вскоре молодой Кадыров стал абсолютным лидером в Чечне. Начался новый этап истории этого многострадального края, который продолжается и поныне.