24 августа 1945 г. постановлением ГКО приемку Ер-2 прекратили. Это решение было предопределено отрицательными результатами войсковых испытаний, закончившихся в 18-й бад. К уже известным претензиям строевые летчики добавили ведомость дефектов, содержащую почти полсотни замечаний. Главный инженер ВВС КА генерал-полковник ИАС А. К. Репин с тревогой отметил, что «выявляющиеся в процессе все новые и серьезные дефекты… создают перспективу бесконечных доводок». В соответствии с приказом НКАП № 359 от 31 августа 1945 г. главному конструктору П. О. Сухому и директору завода № 39 давалось два месяца на устранение всех дефектов. 15 ноября три полностью соответствующих требованиям самолета Ер-2ММ (малая модернизация, а отнюдь не «московская модификация», как утверждают некоторые бывшие работники завода № 39) завод обязан был передать на госиспытания, а в декабре предъявить 20 Ер-2ММ для повторных войсковых испытаний.

Первым делом директор завода Абрамов приказал прекратить всякие доводки самолетов, уже законченных производством. К этому моменту предприятие заканчивало выпуск машин 22-й серии. Пять бомбардировщиков из этой серии были разобраны и использованы в качестве «заготовок» для варианта «ММ». Поступившие к сентябрю 1945 г. из ОКБ П. О. Сухого 1100 чертежей, отличавшие этот вариант от прежнего, составляли всего 75 % от потребного количества, следовательно, всего предстояло внести более 1450 изменений. Что касается варианта Ер-2БМ (большая модернизация), то здесь ожидалось приблизительно 3000 изменений по сравнению с «базовым» бомбардировщиком. Срок готовности Ер-2БМ устанавливался — 1 января 1946 г.

Но сроки, как это уже не раз было с «ером», оказались сорваны. В качестве причин руководством завода выдвигались несвоевременная передача чертежей главным конструктором и неготовность «доработанных» моторов. Проект Ер-2ММ предполагал использование более мощных дизелей АЧ-31 с флюгерными винтами АВ-7Е-18К. Это мероприятие обещало устранить два самых главных недостатка бомбардировщика — невозможность полета без снижения на одном моторе и неприемлемо большую длину разбега. Моторы АЧ-31 до конца года так и не поступили на завод, поэтому на построенных таки в декабре (!) трех Ер-2ММ пришлось установить обычные серийные АЧ-30Б.[35] Но значительная часть вины лежала и на заводе № 39. Как отмечал старший военпред инженер-подполковник Никулин, «приказ № 359… не дошел, как следовало бы этого ожидать, ни до руководства, ни до значительной части ИТР завода. Завод по-прежнему пытается делать «как-нибудь», лишь бы выполнить план…»