Только в начале сентября в НИП АВ (Научно-испытательный полигон авиационного вооружения), который располагался в Ногинске, поступил на испытания самолет Ер-2 с новыми стрелковыми установками, разработанными заводом № 32. Во всех огневых точках монтировались крупнокалиберные пулеметы БТ (с ленточным питанием в носовой и люковой установках и с магазинным — на верхней турели). Несмотря на выявленные недостатки, разработанные конструкции были рекомендованы к серийному производству. Но и рекомендацию НИП АВ полностью реализовать не смогли, поскольку завод № 32 был сильно загружен заданиями по крупносерийным машинам. К началу октября только на половине самолетов Ер-2 в строевых частях были заменены верхние стрелковые установки на турели ТАТ с пулеметами БТ, при этом магазинное питание, особенно часто подвергаемое критике,[12] сохранилось. Кроме того, производились работы по установке дополнительной брони для всех членов экипажа с использованием задела, оставшегося на заводе № 18 после завершения производства ДБ-3Ф. В частности, рабочие места стрелков прикрыли стандартными бронеспинками от ильюшинского бомбардировщика, а позднее за их кабиной стали монтировать сплошной бронешпангоут из 15-мм листа. Для сохранения центровки пришлось перенести вперед кислородные баллоны.

Еще 6 августа 1941 г. ведущий инженер НИИ ВВС военинженер 2 ранга Н. К. Кокорин в докладной записке командованию института обратил внимание на необходимость сокращения длины разбега и взлетной дистанции Ер-2. Недостаточную энерговооруженность самолета он предлагал улучшить путем форсирования моторов М-105 по наддуву (увеличив его с 965 до 1025 мм рт. ст.) и частоте вращения (с 2600 до 2700 об/мин). Укажем, что впоследствии именно путем форсирования М-105 по наддуву заводу № 26 удалось заметно увеличить его мощность у земли и на малых высотах (варианты М-105ПФ и М-105РФ), однако в 1941 г. предложение Кокорина осталось нереализованным.

Кардинальным способом улучшения взлетных свойств Ер-2 могло стать использование реактивных ускорителей, в то время именовавшихся «реакторами», с которыми еще в 1936 г. летал опытный ТБ-3. 8 октября 1941 г. начальник НИИ ВВС бригинженер Федоров доложил генералу Петрову об окончании предварительных исследований в НИИ-3 наркомата боеприпасов, где прорабатывался облик ускорителей для облегчения взлета Ер-2 2М-105. В частности, предлагались два варианта ускорителя: жидкостный (компоненты топлива — керосин и азотная кислота) с тягой 2250 кг и твердотопливный (пакет из шести ракет) с тягой 3500 кг. В первом случае продолжительность работы ускорителя составляла 12 с, во втором — всего 6 с, но и этого было достаточно для уменьшения длины разбега бомбардировщика до 600 м при его максимальной взлетной массе 14 000 кг.

Прорабатывались и другие идеи. Ер-2, подобно большинству отечественных бомбардировщиков, накануне войны оборудовался так называемой «системой нейтрального газа», включавшей несколько баллонов с азотом или углекислотой и трубопроводы подачи газа в бензобаки. Как было известно, пары бензина в свободном пространстве над горючим представляли большую угрозу для бомбардировщика в случае попадания в них пули: нередко бак попросту взрывался. Наполняя бак негорючими газами, стремились уменьшить пожароопасность самолетов, что подтверждалось практикой. Однако вскоре инженерно-техническому персоналу частей пришлось столкнуться с банальным отсутствием азота на аэродромах. Тогда была выдвинута идея замены дефицита тем, что всегда под рукой: выхлопными газами моторов с большим содержанием CO