По официальным данным наркомата авиапромышленности, последние «еры» завода № 18 были закончены производством и сданы в авиачасти в июле 1941 г., однако отчеты самого завода свидетельствуют, что шесть самолетов передавались ВВС в августе, а еще три — в сентябре. Семьдесят первый, «сверхплановый», Ер-2 оставался на заводе до конца октября, его дальнейшая судьба неизвестна. Возможно, он пострадал 19 сентября 1941 г., когда одинокий немецкий самолет He 111 средь бела дня отбомбился по территории воронежского авиазавода. 16 бомб SC 50 угодили в разные цеха завода, а крупная SC 1000 попала в штамповочный цех. Большая часть бомб была установлена немцами на минирование, их удалось обезвредить, но некоторые сдетонировали от удара.

Об оценке «еров» членами летных экипажей в тот период можно судить по докладу комиссара 420-го ап старшего политрука Н. П. Дакаленко члену Военного совета ВВС КА корпусному комиссару Степанову. «Летный состав высказывает определенное настроение в отношении надежности материальной части, — с тревогой отмечал политрук. — Летчики и штурманы говорят, что хорошо бы их перевести в другой род авиации». Столь грустные мысли получили распространение в полку из-за неспособности заводских бригад и технического состава части устранить причины пожаров. По состоянию на 13 августа в 420-м полку зафиксировали пять случаев самовозгорания самолетов в воздухе, при этом погибли и получили ожоги 10 членов экипажей. «Аналогичные неприятности произошли и в 421-м ап, где с самолетом полностью сгорел экипаж», — сообщил Дакаленко.

Серьезной проблемой, значение которой никто уже не мог преуменьшить после катастрофических потерь частей ДБА в первый месяц войны, являлась недостаточная обороноспособность самолета. Эффективная дальность стрельбы пулеметов ШКАС не превышала 200 м, а их недостаточные поражающие качества при действии по металлическим истребителям противника вызвали у пилотов горькие определения в стиле «горох» или «гуманное оружие». 25 июля 1941 г. начальник ГУ ВВС КА генерал-майор И. Ф. Петров обратился с письмом к наркому Шахурину с предложением об усилении огневой защиты серийных Ер-2. В частности, он предлагал:

«1. Установить на верхней средней турельной установке вместо одного пулемета ШКАС спарку ШКАС, для чего дать задание заводу № 32 срочно изготовить необходимые детали (клыки и головки) и произвести монтаж спарки на самолетах.

В дальнейшем ранее установленную крупнокалиберную установку ТАТ на самолете Ер-2 восстановить…

2. Носовую установку ШКАС заменить на крупнокалиберную установку конструкции КБ-3 завода № 32 (гл. конструктор Торопов)…

3. Для защиты экипажа установить кормовую броню в фюзеляже и броневой лист на турельную установку МВ-3 по типу самолета ДБ-3Ф…»

Шахурин немедленно дал согласие на все указанные мероприятия и поручил их реализацию Ермолаеву. А 5 августа нарком авиапромышленности издал приказ № 799, в котором ставил задачи по ускоренной доработке «еров» директорам заводов: Шенкману — в части устранения дефектов в конструкции самолета, руководителям «оружейных» заводов Соколову, Крупнову и Миргорову — в части вооружения. Сроки ставились жесткие —