5 июня 1937 года Фишмана арестовали, но осудили его только мае 1940-го — на 10 лет исправительно-трудовых лагерей, а в 1947 году освободили. Яков Моисеевич стал заведующим кафедрой химии Саратовского института механизации сельского хозяйства. В 1949 году он был вновь арестован и отправлен в ссылку в Норильск. Там, за полярным кругом, Фишман в должности заместителя начальника цеха на химическом заводе и получил в 1955 году известие о своей реабилитации и присвоении воинского звания генерал-майора-инженера. О спрятанном стрелковом оружии на химическом полигоне уже никто не вспоминал...
Разгром «военно-троцкистского заговора» усилил кадровые перестановки в РККА. За 1937-1939 годы из ее рядов было уволено по различным причинам, включая болезни, смерть, возраст, моральное разложение, около 37 тысяч офицеров. Из них по политическим мотивам — 29 тысяч. Многие из уволенных жаловались на незаслуженную отставку. И к 1 января 1941 года около 13 тысяч из двадцати девяти были возвращены в армию. Из оставшихся 16 тысяч красных командиров приблизительно половина была арестована (по разным оценкам, от 6 до 8 тысяч), а убито — 3-4 тысячи. По политическим мотивам уволили 10% командиров полков, 26% комдивов, 27% комкоров. Так что «обезглавливания» РККА, по сути, все же не произошло.
Из этих 3-4 тысяч расстрелянных командиров только несколько десятков могли быть в курсе каких-то замыслов Тухачевского, если таковые были. Подавляющее большинство из расстрелянных стали жертвами маховика «правоохранительной» машины, которую, по всей видимости, все сложнее становилось контролировать и самому Сталину. Начался лавинообразный процесс арестов и допросов, в ходе которых появлялись все новые «враги народа». В раздувании размаха «измены» был заинтересован в первую очередь Николай Иванович Ежов, что поднимало его в глазах Сталина.
В 1939 году арестованный следователь НКВД Радзи-виловский показал, что заместитель наркома внутренних дел Фриновский потребовал от него «развернуть картину о большом и глубоком заговоре в Красной армии... с раскрытием которого была бы ясна огромная роль и заслуга Ежова и Фриновского перед лицом ЦК». Другой бывший следователь НКВД Суровницких в 1961 году признался, что в ходе допросов по делу о военном заговоре следователи подсказывали арестованным фамилии их «соучастников», чтобы закрепить «нужную Ежову «солидность и серьезность» заговора».
Раздражение Сталина вызвала «недалекость» Ежова: вместо того чтобы целенаправленно выявлять и «точечно» нейтрализовывать противников лидера партии, он организовал бессистемные массовые аресты. В тюрьмах и лагерях оказались десятки тысяч преданных государству людей, которые не сомневались в правильности курса Сталина. Тем временем страна, стоящая на пороге военных испытаний, остро нуждалась в опытных специалистах. «Главным преступлением Ежова, — говорил Молотов писателю Феликсу Чуеву, — было то, что он стал назначать большое количество врагов народа на области, а области — на районы. За это его и расстреляли». Конечно, несколько наивное объяснение, стремящееся обелить высшее руководство (о разнарядках знали и Молотов, и Сталин), но вина Ежова бесспорна.