После войны Вальдхайм напишет в своих воспоминаниях, переведенных и на русский язык, что он был комиссован и с 1942 по 1944 год изучал право в Вене. Это неправда. Медицинская комиссия признала Курта Вальдхайма годным к продолжению военной службы. В марте 1942 года лейтенанта Вальдхайма перевели в штаб 12-й немецкой армии, расквартированной в Югославии. Вальдхайм получил назначение в штаб боевой группы, сформированной в западной Боснии.

Собравшиеся там партизаны наносили чувствительные удары по армии Хорватии – союзницы Германии. Германское командование приняло решение очистить горы Козара от партизан: всех пойманных партизан расстрелять, а гражданское население направить в Германию на принудительные работы.

Сражение продолжалось несколько недель. Партизаны отчаянно сопротивлялись. Немцы уничтожили несколько десятков тысяч человек, остальных депортировали. Вальдхайм вместе с другими офицерами решал судьбу боснийцев: физически крепких отправляли на работу в рейх, слабых отдавали хорватской полиции на уничтожение.

Вальдхайма включили в список отличившихся офицеров. Глава профашистской Хорватии Анте Павелич наградил его серебряной медалью короля Звонимира с дубовыми листьями «за мужество, проявленное в боях с мятежниками». Вальдхайм утверждал потом, что медаль хорваты давали всем штабным офицерам без разбора. Однако до него медали удостоились всего пять офицеров из всей немецкой дивизии, в которой он служил.

В апреле 1944 года обер-лейтенант Вальдхайм без отрыва от военной службы защитил докторскую диссертацию, в которой именовал нацистскую Германию «спасителем Европы». В армии новоиспеченный доктор права тоже успешно продвигался по служебной лестнице. Его перевели в штаб группы армий «Е», расположенной в Греции. Вальдхайм, аккуратный и исполнительный офицер оперативного отдела, вел дневник военных действий. Приказы и донесения о депортации евреев из Греции, о карательных акциях против партизан, о массовой высылке гражданского населения проходили через его руки.

Потом Вальдхайм клялся, что ничего не знал. Но дотошные историки обнаружили в архивах вермахта написанные рукой Вальдхайма донесения.

Осенью 1943 года его перевели в разведывательный отдел и поручили готовить ежедневную сводку для начальства. Среди прочего он тщательно изучал протоколы допросов – еще одна деталь, о которой он пытался забыть. В одиннадцатую годовщину прихода Гитлера к власти Вальдхайм получил новую награду – крест за заслуги второго класса с мечами.

После войны Югославия подготовила документы с требованием внести его в список военных преступников и выдать ей для суда. Но потом в Белграде отказались от своего намерения: Вальдхайм успешно делал дипломатическую карьеру, и стало ясно, что политика важнее исторической справедливости.

Югославские власти сделали выбор в пользу хороших отношений с соседней Австрией. Глава Югославии Иосип Броз Тито лично вручил Вальдхайму югославский орден. Ни в международных справочниках, ни в официальных биографиях сомнительные эпизоды его жизни просто не упоминались.