Нет сомнений, что Петр поощрял и развитие торговли. Его вдохновляли идеи меркантилизма и пример богатевшей от торговли Голландии. Он открыл русским купцам ворота в Европу через порты Санкт-Петербурга, Риги, Ревеля, принял в 1724 году льготный для них Таможенный тариф. Но при этом использовал методы, будто предназначенные для уничтожения свободной торговли или в крайнем случае для ее медленного удушения. Приведу лишь один, но очень выразительный пример. Внезапно, 31 октября 1713 года появился именной указ о… полном запрещении ввозить в Архангельск для продажи два тогда основных товара русского экспорта, пеньку и юфть, и жестоко предписывалось везти эти товары только в Санкт-Петербург. В ограничении архангельской торговли Петр видел условия для процветания новой столицы и реализации своей давней мечты сделать ее центром русской торговли. Насильственная переориентация торговых потоков с Архангельска на Санкт-Петербург оказалась трудноосуществимой хотя бы потому, что шведы еще господствовали на Балтийском море и их каперы делали практически невозможным проход иностранных судов в новый русский порт. В результате в Петербургском порту ежегодно скапливались и гнили под открытым небом огромные запасы нераспроданных товаров, которые, как говорится, со свистом ушли бы в Архангельске. Но восторг Петра, однажды утром увидевшего, что почти у его дворца причалил чудом прорвавшийся сквозь шведскую блокаду английский торговый корабль, не проходил. Самодержец был почти уверен, что наконец-то его мечта исполнилась, что "все флаги в гости будут к нам!".

Реальность оказалась суровее его мечты, и поэтому ему пришлось считаться с фактами. Жесткий указ 1713 года отменили, было решено перейти на режим квотирования. В последующие годы, в сущности до заключения мирного договора со Швецией, каждый год определялись квоты на количество товаров для Санкт-Петербурга и Архангельска. Причем власти контролировали выполнение этих норм. Сперва было установлено преимущество Петербурга в пропорции 2 к 1 в пользу столицы, но к концу 1710-х годов Петр фактически признал поражение: в Архангельск было разрешено везти две трети экспорта, а в Петербург — одну треть. Важную роль в отказе от первоначальной политики сыграла Голландия, купцы которой из-за закрытия Архангельска — традиционного порта сотен голландских судовладельцев — стали нести такие потери, что встал вопрос о разрыве торговых отношений с Россией.

Конечно, по мере завершения Северной войны нарастала тенденция постепенного сокращения торговли в северном порту, но она была вызвана причинами вовсе не административными, а экономическими (все-таки Санкт-Петербург был ближе к Западной Европе, чем Архангельск) и военно-политическими (усиление русского флота на Балтике и ослабление шведского морского могущества делали путь в Санкт-Петербург более безопасным). Но при этом никому из властей предержащих и в голову не приходило подумать об ущербе русской торговле (не говоря уж о компенсации этого ущерба). Н. И. Павленко писал по этому поводу: "Что означала эта исходившая от правительства инициатива для русских купцов? Она наносила им значительный материальный ущерб. Купцы должны были отказаться от налаженных путей доставки грузов в Архангельск и заменить привычный маршрут новым, ‹…› это было связано со значительными убытками: утрачивались отлаженные связи в пунктах, где производился наем работников и речных судов; становились ненужными складские помещения как в перевалочных пунктах Ярославль, Вологда, так и самом Архангельске". К этому добавим, что архангельская торговля, имевшая почти двухсотлетнюю историю, была привычна, выгодна русскому купечеству, поколениями торговавшему в устье Северной Двины. Доставка товаров по текущим на север рекам обходилась дешево. На этом проторенном пути из центра России до берегов Белого моря не только существовала необходимая для транспортировки и перевалки товаров инфраструктура с традиционными центрами найма свободных рабочих рук, но и действовала отлаженная система скупки и перепродажи партий товара.