Летом 1941 г. в ходе операции «Ксенофон» диверсанты 1-го батальона «Бранденбург» под командованием лейтенанта Каттвица, переодетые в советскую военную форму, уничтожили позиции батареи прожекторов на мысе Пеклы, дав возможность немецким и румынским дивизиям переправиться из Крыма на Таманский полуостров через Керченский пролив.
Одновременно 1-я и 3-я роты 3-го батальона полка «Бранденбург 800» были реорганизованы в спецподразделение за номером 287 и подчинены специальному штабу во главе с генералом Фелми. Это подразделение должно было действовать на территориях Африки и Ближнего Востока, 21-го сентября 1941 г. в Греции организовали еще одно соединение, предназначенное для шпионажа и диверсий за номером 288. Оно состояло из трех рот. На восточном фронте 1би17 июля 1941 г. солдаты диверсионного подразделения «Нахтигаль» и 1-го батальона «Бранденбург», переодетые в советскую форму, напали на штаб одной из советских армий. Атака была отбита, немцы понесли большие потери. После этой неудачной операции остатки батальона «Нахтигаль» расформировали.
В начале июля того же года на территорию Афганистана проникла рота «Бранденбург» под командой лейтенанта Обердорффера, выдавая себя за научную экспедицию, обследующую прокаженных. В действительности она выполняла шпионскую миссию. Через 32 дня эта рота организовала там постоянную базу с радиостанцией, опирающуюся на афганских и индийских агентов и подготовила площадки для посадки самолетов.
Одновременно зарубежная служба абвера разработала план, по которому после завоевания Кавказа немецкими войсками в Индию на самолетах перебросят «Индийский легион» для организации восстания против Англии.
В августе 1941 г. солдаты 1-го батальона провели 7 акций диверсионного типа на важнейших железнодорожных линиях СССР. В октябре 1941 г. 9-я роту 3-го батальона в советских мундирах забросили в тыл Красной армии под Москвой с задачей овладеть заграждениями и укреплениями на одной из въездных дорог в столицу СССР. Эта операция закончилась провалом. Парашютисты понесли огромные потери. В конце 1941 г., когда стало ясно, что молниеносная победа над СССР не удалась, абвер еще более расширил действия диверсионных групп в тылу Красной Армии, особенно на Кавказе, в приволжских степях и в Средней Азии. В январе 1942 г. состоявшая из прибалтийских националистов рота под командованием барона фон Фелкерзама, переодевшись в советскую военную форму, провела ряд диверсий в тылу Красной Армии. В частности, был ликвидирован штаб дивизии и захвачен мост под Пятигорском, который рота удерживала до подхода передовых танковых частей вермахта.
На территории Финляндии, под Рованиеми в специально созданном учебном лагере солдаты из 15-й роты «Бранденбуржцев» интенсивно готовились к диверсиям в России. Их интересовала стратегически важная железнодорожная линия между Мурманском и Ленинградом, служившая главным путем снабжения Красной Армии и гражданского населения осажденного Ленинграда. При подготовке к операции использовался финский опыт проведения партизанской войны.