Самая громкая операция отдела "С" — похищение вождя итальянских фашистов Бенито Муссолини 12 сентября 43 года. После антифашистского государственного переворота 25 июля того же года, правительство маршала П. Бадольо арестовало Муссолини и приказало держать под охраной 200 карабинеров в туристской гостинице, находившейся в труднодоступном горном массиве Гран Сассо, рядом с пиком Абруццо. Туда вела из долины одна лишь подвесная канатная дорога (фуникулер).
Скорцени решил высадить десант прямо на горный луг рядом с гостиницей. Иначе пришлось бы захватывать станцию канатной дороги в долине, а сделать это быстро и незаметно не представлялось возможным. Он использовал 12 грузовых планеров типа ДФС-230. Каждый такой планер мог взять на борт, помимо пилота, 9 человек в полном боевом снаряжении. Группа захвата состояла из 12 пилотов, 90 бойцов воздушно-десантных войск, 16 питомцев Фриденталя, самого Скорцени и итальянского генерала Солетти, в сумме ровно 120 человек. Во время старта с аэродрома Пратика де Маре два перегруженных планера опрокинулись. В пути рухнули на землю еще два (диверсанты везли пулеметы, гору боеприпасов и взрывчатки, чтобы «отбить» Муссолини). И хотя реально им не пришлось сделать ни одного выстрела, в результате аварий 31 человек погиб, еще 16 получили тяжелые увечья. Но Муссолини был вывезен в Германию, и потом несколько месяцев возглавлял так называемую «Республику итальянских фашистов» в северной части страны, которая воевала с партизанами и союзными войсками англичан и американцев.
Смелая операция Скорцени приобрела широкую известность и оказалась на первых страницах газет. Она произвела впечатление даже на Гитлера, и он поручил Скорцени создать новые батальоны спецназначения среди добровольцев, набираемых из парашютистов и войск СС.
Весной 44 года Скорцени, ставший к тому времени штурмбанфюрером (майором), сформировал 6 «истребительных батальонов» охотников за людьми: «Ост», «Центр», «Зюд-Ост», «Зюд-Вест», «Норд-Вест» и «Норд-Ост». Их главное назначение сводилось к проведению контрпартизанских операций против польских, советских, чехословацких, югославских, итальянских, французских партизан.
25 мая 1944 г. одно из новых соединений, 500-й батальон парашютистов СС, высадился с воздуха на боснийский городок Дрвар, где находилась штаб-вартира маршала Тито и союзная военная миссия в Югославии. Потери немцев были велики, но Тито был вынужден бросить резиденцию и бежать на адриатический остров Вис, находившийся под контролем англичан.
Спустя пять месяцев другой батальон, на этот раз под командой самого Скорцени, нанес удар по центру Будапешта. В ходе акции были похищены члены правительства адмирала Хорти, которые пытались договориться об условиях капитуляции с СССР.
Благодаря своим храбрым вылазкам Скорцени приобрел большую популярность. О нем говорили даже как о «самом опасном человеке в Европе».
Когда англо-американские войска, высадившиеся в Нормандии, повели наступление на территории Бельгии и Северной Франции в сторону Рейна, Скорцени получил приказ: «Вы обязаны захватить несколько мостов через Маас на участке между Льежем и Намюром. При выполнении этой задачи вы все для маскировки переоденетесь в форму противника… Кроме того, необходимо выслать вперед небольшие команды, тоже в английской и американской форме, которые должны распространять дезинформирующие приказы, нарушать связь и вносить в ряды войск противника замешательство и панику» (иными словами, делать то же самое, что и подразделения «Бранденбурга» на Восточном фронте в 41-42 годах).