Тем временем на боковой летной полосе в Лука приземлились два транспортных самолета С-130. В них находились 25 солдат из египетского антитеррористического подразделения «Саака» (Молния). Они немедленно приступили к наблюдению за захваченным «Боингом» с помощью специального оборудования, которое позволяет снаружи установить точное расположение террористов внутри самолета, и приготовились к штурму. Развитие событий не предоставляло никакой иной возможности. Коммандос заняли исходные позиции под брюхом «Боинга».

Однако еще перед штурмом произошла ошибка, лишившая коммандос важнейшего условия успеха операции — элемента внезапности. Над входом в терминал аэропорта горел единственный фонарь, и он внезапно погас, что насторожило террористов. Египтяне позже упрекали в этом персонал, но мальтийцы утверждали, что выполняли именно их распоряжение. Этот случай за несколько секунд до начала операции привел похитителей в состояние боевой готовности.

Первая группа атакующих ворвалась внутрь через багажный люк и люк в полу в пассажирском салоне. Вторая — через взорванные двери аварийного выхода над крылом. Обе стороны открыли огонь, причем террористы успели также бросить несколько гранат.

Один из бандитов, стоявший в дверях кабины пилотов, обернулся и направил оружие на второго пилота Эмада Мониба. Капитан Галаль схватил в это время топорик из аварийного набора и нанес смертельный удар террористу. Оба пилота выпрыгнул через выбитое окно.

В ходе перестрелки погибли четыре террориста, а пятый, их руководитель, получил ранение. К сожалению, уже в первые мгновения вспыхнул пожар, который молниеносно распространился по всему авиалайнеру. Коммандос сумел эвакуировать только 37 человек, включая пилотов, после чего были вынуждены уступить место пожарным. Погибли 59 пассажиров.

Пресса крайне отрицательно для египетских солдат комментировала ход событий, объявив их ответственными за жертвы. Однако вскрытие трупов показало, что большинство пассажиров погибло не из-за перестрелки, а вследствие отравления дымом.

За исключением несчастного случая с фонарем, в действиях коммандос не было ни одной ошибки. Разве что при взрыве дверей аварийного люка использовали слишком большой заряд. Если бы именно он вызвал пожар, то вина действительно лежала бы на египтянах. Однако то, что огонь распространился так быстро и его центр находился в задней части салона указывает на взрывы гранат как главную причину возгорания. Среди трех гранат, брошенных террористами в солдат, могла находиться и фосфорная. Короче говоря, победа египтян оказалась пирровой. Но следует помнить, что у них не было иного выхода. Как сказал капитан Галаль: «Похитители были беспощадны и безусловно убили бы и других, а затем взорвали бы самолет. Тогда пришлось бы хоронить 97, а не 59 человек». Стоит добавить в качестве утешения, что из тех, кого казнили бандиты, погибли только М. Мендельсон и С. Родженкамп. Остальные, в том числе египетский охранник, выжили, несмотря на очень тяжелые ранения.

Организации, виновной в этой бойне, так и не нашли. Правда, целых четыре египетские подпольные группы приписывали себе авторство, но это не соответствовало действительности. Захваченный руководитель террористов 20-летний Омар Морзуки молчал на допросах и до сих пор не назвал имен своих сообщников.