Первая драма разыгралась уже в ходе перемещения пассажиров. Египет относится к тем странам, у которых на борту рейсовых самолетов постоянно находится вооруженная охрана в гражданской одежде. Рейс 648 обслуживали четверо сотрудников службы безопасности. В соответствии с инструкциями они ничего не предпринимали до полного выяснения ситуации, чтобы не рисковать жизнью пассажиров. Вскоре они уже хорошо представляли себе что происходит, но численность и вооружение похитителей не позволяли рассчитывать на верный успех антитеррористических действий. Воспользовавшись, однако, возникшей при пересаживании суматохой, один из агентов вытащил пистолет и выстрелил в ближайшего бандита. Но похитители были бдительны и прекрасно организованны — египетского агента моментально засыпали градом пуль — 18 остались в его теле или навылет пробили корпус самолета.

Даже самая небольшая дырочка в обшивке самолета, летящего с большой скоростью на огромной высоте грозит декомпрессией в салоне и разрушением боковой стенки корпуса. Пилот «Боинга», стремясь снизить разницу давлений внутри и вне салона, направил самолет вертикально вниз и выровнял его только в двух километрах над землей. Похитители овладели ситуацией. Итог: один из них легко ранен, а полицейский агент находится в очень тяжелом состоянии и не имеет права на медицинскую помощь.

Когда капитан «Боинга» Хани Галаль в 20.05 попросил по радио администрацию аэродрома Лука под ЛаВалеттой разрешить ему приземлиться, мальтийцы отказали и, желая избавиться от неудобного гостя, погасили все посадочные огни. Однако самолет уже не имел горючего и был вынужден садиться. В полной темноте пилоты посадили самолет на стартовой полосе, промчавшись буквально в нескольких сантиметрах от стоявшего там «Джамбо-джета» сингапурских авиалиний. Дальнейшей трагедии предстояло совершиться на Мальте.

До ноября 1985 г. произошло уже около 700 угонов самолетов. Каждое из них было связано с взятием заложников и выдвижением конкретных требований. На этот раз случай оказался беспрецедентным — террористы не хотели ничего — ни денег, ни освобождения заключенных товарищей, ни каких-то политических шагов. Они просто молчали. Готовым к переговорам властям не удалось установить контакт с бандитами.

Как говорят профессионалы служб безопасности — «Самое страшное — это сумасшедшие». Здесь был как раз такой случай. Террористы не сообщили даже кого они представляют, хотели только одного — унизить президента Египта Хосни Мубарака. Совершить убийства в египетском самолете и возложить ответственность на Египет.

Вскоре после посадки похитители приступили к реализации своего плана. Первой жертвой преступников стала 24-летняя израильтянка Тамар Артци. Ей приказали стать на колени в дверях и дважды выстрелили из пистолета — в рот и в тазовую область. Следующим был израильтянин Мицан Мендельсон, убитый выстрелом в голову. Как всегда, если террористы арабского происхождения, жертвами становятся прежде всего евреи и американцы. Патрику Бейкеру, 28-летнему туристу из Вашингтона, связали руки и вытолкнули из самолета. Пока он падал с высоты несколько метров, в него выстрелили много раз. При каждом убийстве палачи кричали «ура» и пели. Следующими жертвами были две гражданки США еврейского происхождения: Джекки Нинпфлюг и Скарлетт Родженкамп. Их застрелили, а тела выбросили на летное поле. Ужас в салоне достиг своего предела.