В малом Ивановском монастыре, где жили убогие и больные, обычных для монастырей каменных келий не строили. В 1730-е годы на вклад императрицы Анны Иоанновны здесь соорудили Малую больничную палату, названную так в отличие от значительно более вместительных больничных палат Успенского монастыря, которые с этого времени начали называть Большими. Как по своей планировке, так и по архитектурным формам Малая больничная палата целиком следует традициям предыдущего столетия. Здание состоит из одностолпной сводчатой палаты и узких сеней, в которые ведут три двери. Палата очень светлая, вдоль двух ее стен протянулся сплошной ряд окон. Очень красива обработка главного фасада, обращенного в сторону озера, где чередуются маленькие и большие арочные окошки. Палата покрыта высокой тесовой кровлей, сохранившей старую конструкцию со стропилами, опирающимися на пирамидальные ряжи из бревен.
Помимо непременных для русских монастырей церквей, ограды, хозяйственных и жилых построек, в Кириллове есть два не вполне обычных сооружения, имеющих мемориальное значение и сохраненных как местные святыни. Они находятся в Ивановском монастыре, рядом с церковью Иоанна Предтечи, там, где по преданию было "первое прихождение" Кирилла. Одно из них - деревянная часовня, впервые срубленная самим Кириллом. Однако ее подлинность вызывает сомнения. Детали устройства сруба, конструкция надсеки двери на металлических петлях, а не на деревянных выступах - "подпятниках", как было обычно в раннее время - все это заставляет полагать, что в XVII или XVIII веке часовню полностью отстроили заново, и то, что мы видим сейчас, является позднейшей приблизительной копией первой кирилловской часовни.
Другое сооружение расположено рядом и отмечает место вырытой Кириллом "пещеры", где он жил первое время по прибытии на Белоозеро. Здесь в XVII веке стоял деревянный крест. Позднее, в конце XVII или в начале XVIII века над крестом поставили сень на резных деревянных столбах, сохранившуюся с некоторыми переделками до нашего времени. В конце XVIII века над часовней и над деревянной сенью для их зашиты построили каменные сени.
Кроме того, на территории Нового Города, так и оставшейся необжитой, сейчас находятся два ценных сооружения, перенесенные сюда в целях сохранения.
Исключительной ценностью обладает деревянная церковь Ризположения из села Бородавы. Попавшая при реконструкции Волго-Балтийского водного пути в зону подтопления, церковь перевезена и реставрирована в 1958 году. Село Бородава в конце XV века было вотчиной Ферапонтова монастыря. Церковь сооружена в 1485 году по грамоте ростовского епископа Иоасафа Оболенского, бывшего до того ферапонтовским игуменом. Ризположенская церковь, одна из древнейших сохранившихся в России деревянных построек, принадлежит к типу клетских храмов, начало которых уходит в глубокую древность. Церковь перекрыта высокой двускатной кровлей с палицей. С запада к ней примыкает небольшая трапезная с двухсторонней галереей. Несмотря на исключительную простоту архитектурных форм, памятник поражает изысканностью пропорций и какой-то особой поэтичностью облика. Иконостас церкви Ризоположения, созданный в начале XVI века, представляет огромный художественный интерес. При перевозке церкви его передали на временное хранение в Музей древнерусского искусства им. Андрея Рублева в Москве, где он находится и сейчас.