>                      SetCellClick(i, j);

и почему нельзя написать просто так:

cell.onclick= function() {checkCell(i, j)};

Чтобы ответить на этот вопрос, давайте попробуем поставить себя на место интерпретатора. Как ему определить, что вам в качестве параметра функции checkCell нужны именно конкретные значения переменных i и j в данный момент, а не значения этих переменных в момент вызова функции. Не буду сейчас загромождать вам мозг понятием ссылок и указателей, с помощью которых зачастую подобные проблемы решаются в других языках, в JavaScript, насколько мне известно таких понятий нет.

Так вот, чтобы в качестве параметров функции  checkCell в будущем брались те значения переменных i и j, которые они имеют в момент присваивания, делается такой хитрый приём: создается местная функция внутри которой и происходит присваивание. Фокус в том, что в этом случае используются не долгоживущие переменные, объявленные в функции initTable, а короткоживущие параметры функции SetCellClick.

Всем пока.