Вскоре он «засветился» и в большом кино, причем в фантастическом. Любители цикла «Назад в будущее» наверняка вспомнят маленького мальчика возле игрального автомата в кафе города будущего.
Наконец после нескольких эпизодических ролей в телесериалах и рекламных роликах появляется серьезная роль — пусть эпизодическая, но требующая актерского мастерства. Элайджа впервые был замечен кинокритиками после фильма Барри Левинсона «Авалон», номинированного на «Оскар» в нескольких категориях и повествующего о проблемах еврейской семьи, перебравшейся из СССР в Штаты.
В десять лет Элайджа получает главную роль в картине «Рай», где играет мальчика, приехавшего погостить в маленький городок к подруге своей матери и оказавшегося в центре семейной драмы. Партнерами юного артиста на съемках выступили такие звезды, как Мелани Гриффит и Дон Джонсон.
Надо сказать, что Элайджа Вуд никогда не снимался в детском кино, его постоянно приглашали на сложные характерные роли, серьезные, зачастую трагические — там, где требуется настоящее проявление чувств, игра на надрыве. В результате популярен он долгое время был лишь у публики, предпочитающей хорошее некоммерческое кино. Практически каждая роль приносила ему номинацию или награду «Young Artist Award».
После «Рая» последовали два телевизионных фантастических фильма. В «День-О» (название построено на игре слов: фильм называется Day-O, а героя Элайджи зовут Dayo) он играет своеобразного ангела-хранителя, явившегося из детства беременной героини. Сложнейшая роль у актера в хорроре «Дитя в ночи», повествующем о попытке контакта психоаналитика с мальчиком — свидетелем убийства своей семьи, уверенным, что преступление совершил Капитан Крюк.
В 1992 году выходят два кинофильма с участием Вуда. Душещипательную историю двух маленьких братьев, строящих странный летательный аппарат, дабы улететь от ненавистного отчима, поведал знаменитый режиссер Ричард Доннер на деньги Майкла Дугласа в ленте «Radio Flyer» (существует несколько переводов названия — «Радио-Экспресс», «Стремящийся ввысь» и т. д.). Доннеру таланты Элайджи расписал Барри Левинсон. Самое фантастичное в фильме то, что аппарат все-таки взлетает, унося в неведомые дали младшего из мальчишек (его сыграл будущий герой «Парка юрского периода» Джозеф Мазелло).
В блокбастере Стива Майнера «Вечно молодой» повествуется о военном летчике из 1939 года, оказавшемся в нашем времени с помощью криогенной камеры. Преследуемый всеми и вся, он получает помощь только от Нэта, маленького мальчика, поверившего в его историю. Пилот мог бы заменить мальчику отца, но прошлое неотвратимо догоняет — и летчик начинает стремительно стареть. Элайдже, сыгравшему Нэта, приходилось по роли даже самостоятельно управлять старинным бомбардировщиком. В «Вечно молодом» партнерами Элайджи стали такие мегазвезды, как Мел Гибсон, исполнивший роль летчика, и Джейми Ли Кертис — по фильму мать Нэта.
Популярность Элайджи все росла, и в 1993 году продюсеры осуществили довольно странный проект — свести в одном фильме двух самых известных детей-актеров. В драме «Хороший сын» герою Вуда предстоит непростая задача — противостоять настоящему дьяволу в обличии ребенка, маниакально и изобретательно убивающему окружающих. При этом зловещий герой в исполнении знаменитого «одно-домника» Маколея Калкина выглядит вполне благовоспитанным мальчиком. Фильм провалился в прокате — может быть, из-за трагической развязки, может быть, из-за трудной для американского восприятия проблемы выбора или из-за необычности роли вечного проказника Калкина, — но принес Элайдже жанровую премию «Сатурн», как лучшему молодому актеру года.