Доработку, заключавшуюся в отклонении обтекателя РЛС вниз и установке закрылков, выполнили на третьей машине – Ла-250А-П, прибывшей в Москву с куйбышевского завода № 1 в январе 1958 года. Угол отклонения закрылков ограничили 15°, а переднюю ногу шасси сделали управляемой. Установили новые колеса с дисковыми тормозами и пневмогидравлической тормозной системой на основные опоры шасси. Ввели второй, верхний тормозной парашют, увеличив их общую площадь в полтора раза. Пара ракет «275А» размещалась под крылом на пилонах, а под фюзеляжем – подвесной топливный бак.

Этот самолет с бортовым номером 04 хранится в Монинском музее ВВС, и всякий желающий может пощупать «Анаконду» руками. Любопытная деталь: под консолями крыла, с обеих сторон от узла подвески управляемых ракет, есть направляющие, видимо, для крыльев ракет.

Приказом МАП от 12 июня 1958 года ведущим летчиком на Ла-250А-П назначили А.П. Богородского, дублером – М.Л. Петушкова, а инженером остался М.Л. Барановский. Летные испытания начались 31 июля. На заводе к этому времени изготовили 40 ракет «275А». Главной целью испытаний этой машины было определение эксплуатационных характеристик, необходимых для обеспечения начала комплексной летной отработки всей системы К-15 с пусками ракет.

Восьмого сентября 1958 года при выполнении посадки произошла очередная авария, связанная с поломкой одной из основных стоек шасси. К маю 1959 года на третьей машине Ла-250А выполнили 16 полетов. Видимо, на этой машине установили вооружение и радиолокационный прицел «Сокол-2» вместо задержавшегося в производстве К-15М.

Вслед за ней завод выпустил четвертую машину с полным комплектом бортового оборудования, и весной 1959 года начали наземную отработку РЛС К-15. К маю выполнили две рулежки. На пятом Ла-250А, но без двигателей, этой же весной на аэродроме во Владимировке (ныне г. Ахтубинск Астраханской области) началась наземная отработка модернизированного прицела К-15М, а в 6-м ГосНИИ ВВС осуществили 10 пусков ракет «275А» с наземной установки.

Аварии самолетов и трудности, с которыми столкнулись самолетостроители, не позволили вовремя завершить доводку системы дальнего перехвата, хотя правительство постоянно контролировало ход работ по авиационной системе ПВО. Например, в 1958 году руководство страны обязало промышленность закончить заводские испытания Ла-250А с двигателями АЛ-7Ф с облетом машины летчиками-испытателями ВВС. Во втором квартале 1960 года государственному комитету по авиационной технике предписывалось совместно с заказчиком решить вопрос о дальнейших работах по этому самолету.

С.А. Лавочкин занимался не только разработкой летательных аппаратов, но и преподавал в институте

Главком ВВС К.А. Вершинин не стал дожидаться 1960 года и в 1958-м, докладывая правительству, отмечал, что «чрезвычайно затянулась по вине ОКБ-301 отработка системы перехвата К-15 (с 1953 года). Летные данные самолета-носителя Ла-250А начинают морально устаревать. Характеристикой темпов работ может служить то, что в 1956 году был выполнен один полет, в 1957 году – шесть полетов, в 1958 году – 14 полетов».