Однако Лаврентий Берия не побоялся вступить с ним в конфликт, который мог бы ему дорого обойтись. Как свидетельствовал в 1953 году бывший работник Закавказского ГПУ Георгий Цатуров, «Берия упорно добивался поста председателя Закавказского ГПУ. К Павлуновскому он относился недоброжелательно и вел против него различные интриги. По слухам я знал, что по инициативе Берии на Павлуновского было подано заявление в крайком ВКП(б), которое было подписано приближенными к Берии лицами… что Павлуновский не считается с местными кадрами, не знает местных условий работы».
В ответ Иван Павлуновский написал письмо председателю ОГПУ Вячеславу Менжинскому, оно хранится в архиве ЦК компартии Грузии и публикуется впервые. Павлуновский в письме жалуется на «бесконечно склочное отношение с замом». Лаврентий Берия повсюду рассказывает, что Павлуновский не дает «работать по меньшевикам, стесняет в работе». Между тем в работе его случаются недопустимые ошибки. Например, в апреле 1927 года провел обыски среди всех портных Тифлиса. Случился скандал, и когда по этому поводу секретарь Закавказского крайкома ВКП(б) и председатель Центральной контрольной комиссии Амаяк Назаретян вызвал Берию на ковер, тот «перевел стрелки на самого Павлуновского».
Борьбу за отвоевание себе руководящей роли в Закавказье Берия ведет не только со мной. Он вел ее с Могилевским и Кацнельсоном и с Кванталиани. Являясь приличным средним работником, Берия страдает еще и большой манией величия.
Глава представительства ГПУ резюмирует: «Недопустимое интриганское поведение товарища Берии привело к тому, что я ни одному из его заверений, а таких было много, верить не могу». В итоге Павлуновский требует снять его самого и Берию с работы или заменить Лаврентия старым большевиком Сергеем Кавтарадзе.
Однако далеко не все грузинские чекисты были настроены против Берии. В найденном нами в архиве ЦК Грузии письме председателя ОГПУ Аджарской АССР Алексея Саджая положение в ОГПУ Грузии описывается следующим образом:
Перед отъездом из Москвы меня товарищи предупреждали, что в Тифлисе такие товарищи сидят, что или ты должен съесть их, или же тебя они съедят.
По словам Саджая, Берию обвиняют в том, что он искусственно противопоставляет чекистов грузин чекистам русским, уверяя, что приезжие плохо разбираются в оперативной обстановке в республике. Благодаря этому вокруг Берии группируются верные ему кавказцы. Саджая свидетельствует совсем о другом:
Вокруг тов. Берии группируются не только грузины, а все без различия национальности и сотрудники. То по делу оперработы, то по делу культуры, то по делу стрельбы, то по делу футбола.
Саджая также одобряет изданный Берией приказ, запрещающий посещение чекистами ресторанов-столовых.
В результате неравного конфликта между Берией и Павлуновским верх, как обычно, взял наш герой.
Как показал в 1953 году Владимир Деканозов:
Я помню, что Павлуновский изобличал Берию в интриганстве против него, причем Павлуновский объявил об этом Берии прямо на совещании начальников отделов, на котором присутствовал и я. За интриганскую деятельность против председателя ГПУ Закавказья решением ЦК ВКП(б) на Берию было наложено партийное взыскание. Несмотря на то, что Павлуновский был хорошим работником, он все же был отозван, и Берия был назначен председателем ГПУ Закавказской Федерации. Он добился своего. Удалось это Берии потому, что он умел втираться в доверие руководящим работникам. В частности, он сумел расположить к себе секретаря Закавказского крайкома партии Орджоникидзе. В последующие годы, когда Орджоникидзе находился в Москве, Берия всегда обращался к нему и находил поддержку.