О методах дознания мы можем также узнать из дела самого Рухадзе, которого, по иронии судьбы, позже арестовали как бериевца. В обвинительном заключении говорилось:
Арестованных по делу так называемой мингрело-националистической группы, которое возникло по инициативе Рухадзе, изнуряли путем систематических и продолжительных ночных допросов. Некоторых арестованных по этому делу на допросах избивали и помещали на длительный срок в карцер.
Надо сказать, что большинство заключенных, в том числе Авксентий Рапава, вели себя исключительно мужественно и нужных следствию показаний не дали. Возможно, этим объясняется необычно затянувшееся следствие, продолжавшееся около двух лет. Вплоть до смерти Сталина обвинительное заключение так и не было составлено.
Одновременно с мегрельским делом Николай Рухадзе проводил и другую линию борьбы с Лаврентием Берией. В доме матери Берии в Тбилиси было установлено подслушивающее оборудование. МГБ Грузии разрабатывало операцию по похищению в Париже бывшего министра иностранных дел меньшевистской Грузии Евгения Гегечкори, родного дяди Нины Теймуразовны Берия.
Забавные подробности о бурной деятельности Николая Рухадзе содержатся в воспоминаниях Павла Судоплатова:
Я должен был оценить возможности местной грузинской разведслужбы и помочь им подготовить похищение лидеров грузинских меньшевиков в Париже, родственников жены Берии, Нины Гегечкори. Докладывать я должен был лично Игнатьеву. Мне сообщили, что инициатива по проведению этой операции исходила из Тбилиси, от генерала Рухадзе, и Сталин лично ее одобрил. Рухадзе настаивал на том, чтобы грузинские агенты взяли эту операцию на себя. С этой идеей он прибыл в Москву и пошел на прием к Игнатьеву. Отправляясь обратно в Тбилиси, он пригласил меня лететь вместе с ним. Я предпочел поехать поездом.
То, что я увидел в Тбилиси, меня глубоко потрясло. Единственный способный агент с хорошими связями во Франции, Гигелия, сидел в тюрьме по обвинению в шпионаже и мегрельском национализме. Агентам Рухадзе нельзя было доверять; они даже отказались говорить со мной по-русски. Заместитель Рухадзе, планировавший поехать в Париж, никогда не был за границей. Он был уверен, что если привезет грузинским эмигрантам шашлык и корзину грузинского вина, устроит пирушку в самом знаменитом ресторане Парижа, то завоюет их расположение. Предлагали также послать в Париж делегацию деятелей культуры, но все понимали, что эти грандиозные планы маскируют желание Рухадзе отправить в Париж свою жену. Она была скромной женщиной и хорошей певицей, но могла представлять в делегации только Тбилисскую консерваторию. О планах мужа она не имела ни малейшего понятия.
Группа следователей из Москвы, занимавшаяся делом мегрелов, между тем радостно сообщила Рухадзе, что они уже почти установили связь между семьей Берии и арестованными националистами. Любительский авантюризм Рухадзе испугал меня, и я поспешил вернуться в Москву, чтобы доложить обо всем Игнатьеву. Он и его первый заместитель Огольцов внимательно выслушали меня, но заметили, что судить об этом деле надо не нам, а «инстанции», так как Рухадзе лично переписывается со Сталиным на грузинском языке.