Во втором периоде войны условия для создания стратегических резервов значительно изменились. Было ликвидировано количественное превосходство противника в боевой технике и вооружении. Военная промышленность не только в достатке вооружила боевой техникой и оружием войска на фронте, но и обеспечила создание стратегических резервов. С переходом стратегической инициативы в руки советского командования создались лучшие возможности для вывода войск из действующих фронтов в резерв для доукомплектования, обучения и последующего их применения на нужных направлениях. Поэтому в данный период войны 70 % стратегических резервов составили войска, выведенные из действующих фронтов, и только 30 % — новые формирования. В общей сложности из состава действующих фронтов было выведено 565 объединений, соединений и частей, а вновь сформировано лишь 231.[204] Всего в ходе Великой Отечественной войны Ставкой ВГК и Генштабом было образовано (восстановлено) более 100 управлений общевойсковых и 17 танковых армий, сформировано (доукомплектовано) 112 танковых, механизированных и артиллерийских корпусов, около 1000 стрелковых, кавалерийских и артиллерийских дивизий, почти 2 тыс. отдельных бригад и полков родов войск.[205] Одновременно по разнарядкам Генштаба в действующие войска было направлено 11,5 млн человек обученного маршевого пополнения, большое количество вооружения и военной техники.

В Генштабе рассчитывались потребности действующей армии в пополнении новыми объединениями, соединениями, частями, в количестве резервов, определялись порядок и сроки их формирования (доукомплектования) и выдвижения в назначенные районы, разрабатывались соответствующие директивы, контролировалось их выполнение, организовывались связь, маскировка и прикрытие с воздуха, материальное обеспечение.

Основная нагрузка в решении перечисленных выше вопросов лежала на Организационном управлении Генерального штаба. Кроме того, часть из них находилась в ведении Организационноштатного управления Главупраформа, что порождало параллелизм и создавало затруднения в деятельности не только обоих этих органов — Генштаба и Главупраформа, но и в целом центрального аппарата наркомата обороны. С целью устранения данного недостатка 4 мая 1943 г. приказом № 0325 наркома обороны Организационное управление Генштаба было реорганизовано в Главное организационное управление Генштаба. В его состав были включены Организационно-учетное управление и Управление по оперативно-организационным мероприятиям. На Главное организационное управление Генштаба возлагались: разработка соображений и директив по проведению организационных мероприятий в Красной Армии на основе указаний наркома обороны и Ставки ВГК; разработка организации штатов, а также учет количества и дислокации войсковых частей, соединений и учреждений Красной Армии; учет штатной, списочной численности и общий учет потерь Красной Армии; разработка планов и директив о выводе соединений и частей в резерв Ставки; отдача указаний главным управлениям Наркомата обороны об очередности и порядке доукомплектования и дообеспечения частей и соединений резерва Ставки и контроль за проведением этих мероприятий; разработка директив, порядка и сроков осуществления межфронтовых перегруппировок и сосредоточений, проводимых решением Ставки; организация и контроль за оперативными перегруппировками войск, производимыми по железной дороге, автотранспортом и походом.